随着城市的快速发展和经济的增长，城市区域发展不平衡、空间结构混乱、分区功能定位模糊、资源耗竭、环境污染等城市区域发展问题逐渐突出，城市区域可持续发展面临严峻挑战。2005年，我国提出“主体功能区”的思想，为解决城市发展问题提出了一个新的思路；2013年，重庆市根据区县资源禀赋、发展现状等提出建立五大功能区域的构想，符合科学发展观的要求，有利于城市可持续发展的实现。在五大功能区战略布局下，重庆市区县外部环境和发展要求已经发生了变化，原有的考核区域发展的指标体系已不能满足未来发展的需要。因此，以可持续发展为指导，根据功能区的发展定位和要求，研究功能区可持续发展指标，构建新的功能区考评体系具有重要的理论意义和现实意义。结合国内外对功能区和可持续发展方面的研究，了解功能区理论基础和可持续发展具体要求，系统总结了功能区可持续发展的内容，即经济可持续、社会可持续、环境可持续和资源可持续。根据重庆市功能区发展定位，以可持续理念为指导，通过文献搜集、系统分析、专家咨询等方法，按照“四分法”的指标体系模式，初步建立了一个四维(即经济发展、社会和谐、生态环境和资源效用)3级，共48个指标的可持续发展指标体系。为了使指标体系更契合重庆市功能区实际，在对38区县进行问卷调查的基础上，使用结构方程模型，对经济发展、社会和谐、生态环境和资源效用四个子系统做了验证性因子分析。通过实证分析，探索了子系统内部的因子关系和因子结构，并最终确立了包含32个指标的可持续发展指标体系。其中，经济发展子系统包括经济活力、经济实力和经济发展带动力3个二级指标，9个可测量指标，经济发展带动力与经济实力相关性较大；社会和谐子系统包括生活质量、社会稳定、民主法治和社会发展带动力4个二级指标，9个可测量指标，社会稳定与社会发展带动力相关性较大；生态环境子系统包括生态质量、环境友好和生态保护3个二级指标，9个可测量指标，环境友好与生态保护相关性大；资源效用子系统包括资源承载力和资源集约2个二级指标，5个可测量指标，两个二级指标相关系数高达0.85。根据确立的指标体系因子结构和因子关系，结合五大功能区发展定位，对具体运用指标体系引导功能区可持续发展提出针对性的建议，提高研究成果的适用性。从经济、社会、环境和资源四个维度构建功能区可持续发展指标体系，鼓励区县根据辖区实际，科学选择发展方向，做到“有所为、有所不为”。同时，指标体系为政府科学决策提供参考依据，为政府进一步差异化考评区县发展奠定基础，有利于统筹区域发展，符合科学发展观的要求，有利于实现重庆市全面建设小康社会的目标。