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沙门氏菌是一种可以引起人畜共患病的细菌,分布范围广泛,在世界范围内都有分布。沙门氏菌存在对人类和动物的健康造成极大威胁,也产生了一系列的公共卫生安全问题。抗菌药作为防控细菌疾病的重要手段,自首个抗菌素青霉素被发现以来,抗菌素一直发挥着重要作用。但随着抗菌药物的过度使用,细菌在药物的筛选和选择性压力下,进化了新的耐药能力,增加了防治的难度。而且随着时间的推移,细菌耐药率愈来愈高,从单一耐药变为多重耐药,全球耐药形势严峻,沙门作为重要的公共卫生防治目标,更是重中之重。沙门氏菌作为常见的食源性高危致病菌,分析不同来源的沙门氏菌可了解沙门氏菌的流行情况、序列型、耐药谱、耐药基因、初步了解耐药机制。为沙门氏菌病的临床治疗和后续研究拓展具有积极而必须的作用。主要研究内容和结果如下:1.沙门氏菌的分离和分子分型参考GB4789.4-2016法,从武汉菜市场取鸡肠样品,在荆州某禽类屠宰线上取拭子和鸭肠样品,分别分离纯化得到疑似沙门氏菌菌落,接下来采用生化方法进行鉴定,最终得到71株沙门氏菌分离株。鸭肠中沙门氏菌分离率为55.5%,菜市场鸡肠中沙门氏菌分离率为29.6%,禽类屠宰线拭子沙门氏菌分离率为18.2%,分离率与样品来源和取样方法等有关。实验室原有的45株人源、禽源、水产沙门氏菌,选择分离菌株中来源于禽肠道、屠宰线拭子的29株沙门氏菌共74株,采用MLST的方法,扩增每株菌的aro C、dna N、hem D、his D、pur E、suc A、thr A管家基因,序列上传MLST数据库,查询菌株ST型,得到分子型。74株沙门氏菌分离株中的62株分为11种ST型,其中ST19,ST26、ST226、ST11、ST34、ST13为主要序列型,ST19型最多（41.9%）,ST19型菌株大多为禽源沙门氏菌分离株。其它12株沙门氏菌分离株为新的ST型。2.沙门氏菌分离株的耐药谱分析和ESBL检测采用纸片法检测了74株沙门氏菌分离株对8大类18种抗生素的药敏性,操作方法与结果判读参考CLSI。结果显示沙门氏菌对红霉素、四环素、氨苄西林、阿莫西林、萘啶酸、链霉素、复方新诺明、氯霉素耐药率较高,分别为71.6%、54.1%、51.4%、51.4%、43.2%、40.5%、35.1%、29.7%。对头孢第一、二、三、四代抗生素头孢唑啉、头孢呋辛钠、头孢噻肟、头孢吡肟的耐药率分别为16.2%、9.5%、10.8%、5.4%,所有菌株对厄他培南和亚胺培南表型敏感。74株沙门氏菌分离株多重耐药率为56.8%,病人来源的沙门氏菌分离株多重耐药率达到80.0%。选取对第二代头孢耐药或者对第三代头孢中介/耐药沙门氏菌分离株,通过双纸片法检测是否产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）,结果显示有7株沙门氏菌分离株产ESBLs,占总菌株数9.5%,其中六株来源于病人,一株来源于菜市场鸡肠样品。3.产ESBL沙门氏菌分离株的基因组分析和耐药基因发掘本实验对四株产ESBLs且对头孢吡肟耐药的沙门氏菌分离株进行了全基因组测序,利用生物信息学方法拼接组装注释,将基因组序列与公共数据库和耐药基因库（ARDB）进行比对,得到沙门氏菌基因组大小约为4.9Mbp,GC碱基含量约为52%,检测到blaCTX-M-55、blaCTX-M-121、blaTEM-1、LRA-8、par C、par E、gyr A、gyr B、sul1、sul2、sul3、aad A7、aad A2、aad A3、tet S、tet B（P）、tet T、tet M、cmlv耐药基因。三株沙门氏菌全基因组测序发现含有blaCTX-M-55耐药基因,一株沙门氏菌分离株含有超广谱β-内酰胺酶耐药基因blaCTX-M-121,bla CTX-M-121在中国极少报道。菌株H21的par C基因编码的氨基酸序列发生了四个位点的突变,是否与喹诺酮抗生素耐药相关需进一步研究。