杜仲(Eucommia ulmoides Oliver)是第三纪孑遗植物，残存于我国中部和长江中下游的山区。杜仲是我国特有的重要经济树种，既是传统的名贵药用植物，又是工业原料(杜仲胶)树种。杜仲是风媒传粉和以种子进行繁殖的雌雄异株植物。由于过度开发利用，野生杜仲已极度稀少，野生杜仲居群已不复存在；现存杜仲几乎都是栽培植物。本文采用细胞核SSR标记和从大的地理尺度上研究了栽培杜仲的遗传多样性和遗传结构。　　 通过对29对高多态性SSR杜仲引物的筛选，8对适用性好的引物扩增结果表现出良好的多态性。应用这8对SSR标记对全国范围内9个主要分布区的270个杜仲个体进行了遗传多样性和遗传结构的分析。在8个多态性位点上共获得67个等位基因，每个位点等位基因数从4～13。居群等位基因平均数为6.2。与其他木本植物基于微卫星分子标记的遗传多样性相比，杜仲维持了较高的遗传多样性(HE平均为0.707，最低值为0.621，最大值为0.775)，分子方差分析(AMOVA)结果表明，在总的遗传变异中，6.12％的变异分布在于居群间，93.88％的变异分布于居群内个体间。F统计分析的居群遗传分化系数FST为0.051，这些结果表明地里隔离并没有显著影响居群间的基因流，这与地理隔离检测到的地理距离与遗传距离不相关结果相吻合。根据FST推导的基因流Nm=4.7表明杜仲的历史基因流很高；作为对比，由GENECLASS估算的近代基因流动则很少。本文旨在探讨杜仲现有主要居群的遗传结构，为制定合理的保育策略提供理论依据。