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目的运用基因芯片技术筛查与黑素瘤相关的DNA异常甲基化位点,初步构建黑素瘤特异性甲基化谱。方法采用Illumina Human Methylation 450K芯片对6例黑素瘤组织及6例配对瘤旁组织,进行全基因组DNA测序,得出差异DNA甲基化位点。采用Gene Ontology(GO)富集分析及KEGG_Pathway分析了解基因功能。结果在黑素瘤组织及瘤旁组织间,共筛出27779个差异甲基化位点,其中16673个高甲基化位点,11106个低甲基化位点。为了进一步研究与黑素瘤相关的甲基化位点,制定了更严格的筛选条件:P<0.01,|beta.difference|>0.2,过滤掉所有SNP相关探针、位于XY染色体上的探针以及交叉反应的探针,共筛选得到4883个差异甲基化位点,其中位于启动子区的(包括TSS1500、TSS200、5’UTR、1stExon)有1459(30%)个差异甲基化位点。GO富集分析显示,差异基因参与的生物学过程主要包括:细胞生长、细胞分化、细胞黏附、运动迁移、信号转导及转录调控等过程。KEGG_Pathway分析显示,差异基因主要参与了粘着斑、癌症通路、TGF-β信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、黑素生成、趋化因子信号通路、黏合连接、钙信号通路、细胞黏附分子、MAPK信号通路、Wnt信号通路、Jak-STAT信号通路。通过结合启动子区高甲基化位点对应的前16个基因(KAAG1、DMC1、FLJ22536、CRYGD、SLC26A4、TFAP2A、DGKE、HOXA10、PRR15、MIR375、KIAA1683、RALYL、HCG4P6、DPYSL5、PAMR1、SOCS2)。同时,筛选出甲基化位点中频率最高(CpG位点≥7)的差异甲基化基因:SOX2OT、GNMT、NFIX、FLJ22536、CIT、C2CD4A、MIR196B、LOC100133991、KAAG1、SKI、CMYA5、GALNT3、ANK2、LOCI100132215、RASA3、PAMR1、HOXA9。选出8个候选生物标志物(KAAG1、DGKE、SOCS2、TFAP2A、GNMT、GALNT3、ANK2、HOXA9)。结论黑素瘤与瘤旁组织间存在很多差异甲基化基因,8个差异甲基化基因可能作为黑素瘤的生物标志物,为黑素瘤的研究提供重要的依据。