基于生物信息学分析识别肺癌预后相关生物标志物的研究

来源 :南昌大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:papalong2009
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:通过整合基因表达与临床表型,筛选肺癌预后生物标志物;构建预后预测模型,识别高危患者,并设计个性化治疗干预措施;同时初步探讨可能影响肺癌预后的分子功能,为预后相关干预研究提供相关分子理论依据。方法:从基因表达综合(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中共下载2325名肺癌随访患者,通过经典贝叶斯的分析方法Com Bat去除批次效应后合并成四个独立的队列集(发现队列,验证队列I,II和III)。应用倍数差异法来筛选发现队列中与肺癌预后有关的差异表达基因,分析其KEGG通路、GO生物功能以及GSEA。利用LASSO-Cox回归分析,筛选出肺癌预后相关标志物,与肺癌预后相关的临床特征相结合,构建多变量Cox回归模型和nomogram预测图。利用Kaplan-Meier分析、ROC分析等在临床病理各亚组人群与其它癌症中分别检验该模型的独立危险性与特异性。结果:(1)在发现队列中,共鉴定到306个与肺癌3年生存相关的差异基因,且主要富集在细胞周期功能调节及其通路中。(2)通过LASSO-Cox回归分析,最终筛选出8个与预后相关性最稳定的基因标志物(SPP1、SLC20A1、CENPH、MAGEE1、C16ORF54、KCNS3、TRIM68、CYB5D2),随后建立预后相关的风险评分(PRS)模型。(3)在三个验证队列的Kaplan-Meier分析结果表明PRS均具有良好的预测性能,其危险比HR在验证队列I为2.38(95%CI,1.61-3.53),在验证队列II为1.35(95%CI,1.06-1.71),在验证队列III为2.71(95%CI,1.77-4.18);(4)PRS在按年龄、性别、阶段和组织学类型定义的亚组中均显示出优越的生存预测能力(P<0.0001),且具有肺癌预后特异性,与结肠癌、肝癌、胃癌、乳腺癌的预后无明显关系;(5)通过整合PRS和临床风险因素的复杂模型nomogram对3年生存率有良好的预测性能(AUC=0.736)。结论:(1)通过公开数据库多数据集并库及生物信息学、多统计学分析,发现8个基因标志物(SPP1、SLC20A1、CENPH、MAGEE1、C16ORF54、KCNS3、TRIM68、CYB5D2)与肺癌预后具有高度的相关性,其表达量可作为肺癌预后高风险的生物标记物及预后状态的遗传因素检测指标。(2)PRS与肺癌独立和特异性危险因素相关,PRS较高的患者生存结局较差。(3)通过构建nomogram模型来量化个体患者的风险,可识别患者可能受益于辅助治疗,还可以提供肺癌患者更个性化的治疗方案。
其他文献
目的:在临床上,慢性疼痛患者伴发抑郁的比例高达30%~60%,而在严重抑郁症的患者中,共患慢性疼痛的发生率亦较高,这两种疾病中的每一种都会积极地促进另外一种的发展。然而令人遗憾的是,目前有关慢性疼痛致抑郁的中枢神经系统结构与功能基础仍不够明确,相应的临床治疗策略受限且缺乏针对性。外侧缰核(lateral habenular,LHb)是边缘系统与基底神经节环路的一个信息汇合点,是同时参与疼痛感知、负
学位
N-亚硝胺(N-nitrosamines,NAs)是一类含有N-NO基团的有机化合物的总称,常在烟熏肉制品、工业废水、化妆品和烟草烟雾等介质中被检出。NAs共包含300多种化合物,其中绝大部分对人类和其它动物具有“三致”效应。因此,开发NAs的分析方法迫在眉睫。化学发光(Chemiluminescence,CL)在痕量污染物检测方面的应用已相当广泛,具有检测速度快、设备简单、价格便宜、线性范围宽等
学位
目的:分别从体外细胞实验和体内动物实验两个方面探索青蒿素的半合成衍生物青蒿琥酯(Artesunate,简称ART)对骨性关节炎(osteoarthritis,简称OA)的影响作用,并初步探究其作用机制,以期为骨性关节炎的治疗提供新的思路。方法:1.体外细胞实验探索:从体外细胞系中研究ART对小鼠骨性关节炎体的作用及其具体的作用机制。从对骨性关节炎最新的研究进展可知,早期骨性关节炎发展过程中最重要的
学位
精对苯二甲酸(PTA)是用于制造聚酯纤维、薄膜等工程塑料的重要原料,是国家建设、经济发展的重要支柱之一。PTA氧化反应过程的平稳性对于直接质量控制的影响很大,需要进行模拟仿真来对实际反应情况进行指导。而在构建反应过程模型时,由于其反应机理复杂,使得在过程模拟与仿真中很容易出现变量发散的情况导致仿真失败。因此本文采用基于联立模块思想易于收敛的g PROMS作为平台进行模拟仿真,将复杂的对象模型逐级分
会议
研究目的:复合式小梁切除术是各种青光眼滤过性手术中的主流,然而手术的远期成功率却不尽如人意,最主要的原因是术后切口周围成纤维细胞过度增殖并分泌细胞外基质,导致滤过通道瘢痕化进一步阻碍房水流出,眼压回升。在术中应用的抗代谢类药物虽可以提高手术成功率,但同时也会带来许多术后不良反应。到目前为止,尚没有一种治疗手段或药物可以有效平衡房水滤过、术后伤口愈合及降低术后并发症发生率这三者之间的关系。所以迫切需
学位
背景:牙周炎是一种微生物相关、宿主介导并导致牙周支持组织(牙龈、牙周膜、牙槽骨、牙骨质)附着丧失的炎症性疾病,引起牙槽骨的病理性吸收,是导致牙齿脱落的主要原因[1]。全世界20%至50%的人口患有不同程度的牙周炎,并与多种全身系统性疾病的发生发展息息相关。牙周炎的早期发现和诊断对于有效治疗疾病至关重要。但目前传统的诊断方法主要依靠牙周临床专科检查以及对口腔X线影像的人工判读,面临着技术敏感性强、检
学位
目的:三叶因子家族3(Trefoil factor family,TFF3)对嗜酸性粒细胞浸润型鼻窦炎(eosinophilic chronic rhinosinustis,e CRS)鼻黏膜上皮中紧密连接蛋白(tight junctions,TJs)的影响及机制研究。方法:1、在鼻黏膜中,使用免疫组化(IHC)检测TFFs(TFF1、TFF2和TFF3)和TJs(occludin、claudin
学位
背景:肺腺癌约占肺癌病例的40%以上,严重威胁人类健康。肿瘤微环境在肺腺癌的治疗和预后中都发挥着重要的作用。因此,迫切需要系统性地寻找肿瘤微环境相关的肺腺癌预后基因,以准确评估肺腺癌患者的预后,为进一步提高肺腺癌的治疗效果、改善患者的预后质量提供参考价值。方法:利用TCGA-LUAD数据集,通过ESTIMATE算法计算免疫评分和基质评分,并根据免疫评分和基质评分的中位数将患者进行分组,分别筛选出两
学位
背景与目的:随着医疗领域科学与技术的快速发展,种植义齿被认为是治疗牙列缺损或牙列缺失的理想修复方式并逐渐被医疗工作者和患者所接受,其成功的关键因素为种植牙与周围骨组织的骨结合。然而,由于种植位点周围骨量不足往往导致骨结合不良,引导骨再生技术被认为是解决上述问题最经济有效的方式之一,该技术的关键为引导骨再生膜的选择和使用。目前临床上常用的引导骨再生膜材料主要分为可吸收膜和不可吸收膜两大类,不可吸收膜
学位
清水江是沅江上游的重要支流,也是贵州一条连通湖南汉族地区和苗族、侗族聚居区的移民和贸易线路。窨子屋分布于湘西南、黔东南,以沅江中上游、清水江流域为中心。文章在分析清水江中下游地区窨子屋的平面形式、结构和构造特征的同时,也着重讨论了在木材生产和贸易发展影响下,清水江下游区域原有的社会结构发生变化,出现了新的商人阶层,成为窨子屋的营建主体,影响了窨子屋的建造和使用。从而指出清水江窨子屋是一种以清水江当
期刊