中国(上海)自由贸易试验区实施的“境内关外”、“一线彻底放开”等一系列促进贸易自由化政策,为通过我国自贸试验区过境的国际货物提供了极大便利,同时也给不法分子利用自贸试验区宽松的监管环境和不透明度从事盗版、假冒商标等侵权活动提供了便利条件。为避免自贸试验区成为侵犯知识产权货物的中转站,我国有必要对自贸试验区过境货物实施知识产权监管,然而这有可能与知识产权的地域性原则和贸易便利化要求产生冲突,因此在对过境货物知识产权监管的制度设计上应将二者适度平衡。本文参考了我国知识产权海关保护现状、相关国际规则及其发展趋势和世界主要自由贸易园区对过境货物知识产权监管的实践经验,提出我国对自贸试验区过境货物知识产权监管应坚持确保快速通关、行政权力有限介入、成本最低和罚责相当的基本原则,建立以海关为一元监管主体,以假冒商标和盗版为监管客体,以有迹象证明涉嫌侵权的过境货物有可能进入我国国内市场为海关依职权采取执法措施的前提,以及以知识产权权利人向海关提供初步证据证明涉嫌侵权的过境货物依据我国法律及目的国法律均侵犯知识产权为海关依申请采取执法措施的监管体系。