《海峡两岸经济合作架构协议》(Economic Cooperation Framework Agreement—ECFA)和《海峡两岸知识产权保护合作协议》签署后,两岸保护专利和商标等知识产权的合作不断深入。大陆和台湾地区本属同宗同源,但碍于两岸尚未统一,即使日后统一了,按照“一国两制”原则,台湾地区仍将保留自己的专利和商标法律制度。随着两岸经贸交往的日益频繁,专利和商标等知识产权在两岸经贸交往中的比重持续上升。而两岸不同的专利和商标法律制度已经并将继续给两岸经贸交流带来一系列问题。本文将从两岸合作保护专利权和商标权的必要性入手,分四个部分展开论述。第一部分将从历史和现状两个角度对两岸的专利法和商标法进行简单比较。第二部分将详细论述两岸需解决的专利和商标保护问题,重点包括主体问题、优先权问题、两岸专利权和商标权申请中的效率问题及实体规定中存在的问题四个方面。第三部分将介绍ECFA下的知识产权保护,即《海峡两岸知识产权保护合作协议》对两岸专利和商标保护合作存在问题的解决及未尽事宜。笔者将在第四部分提出两岸专利权和商标权保护合作的建议与展望,即借鉴欧盟的双轨制;待时机成熟后,废除大陆和台湾地区各自的专利和商标,而只保留跨区域的专利权和商标权。