在后基因组时代,随着实验技术进步与研究方法不断探索,蛋白质组学研究获得了长足发展,定量蛋白质组学也成为其研究热点。定量蛋白质组学不仅致力于高通量、高准确地对组织或细胞中表达的全部蛋白质进行鉴定,还要对其相对或者绝对丰度进行精确测定。基于稳定同位素标记与质谱分析的大规模蛋白质定量技术,是定量蛋白质组学中应用最为广泛的一种技术。对于高通量质谱定量实验,实验数据分析特别是定量分析至关重要,且数据分析方法强烈依赖于实验技术。选择合适算法是得到准确结果的可靠保证,并且随着实验技术不断改进,算法需要不断更新。为了扩展定量动态范围,出现了采用凝胶电泳分离方法将蛋白质进行预分离,然后再进行定量分析的实验策略。在分析该方法产生数据中,发现了“定量信息缺失”与“同一蛋白,多个条带”两个突出问题,这会造成定量结果缺失和定量结果不准确,因而在数据处理中需要设计针对性算法来处理这两个问题。“定量信息缺失”问题虽在现有文献已提及,但并未提出相应解决策略,针对该问题的特殊性,本文首次提出了利用精确质量时间标签策略来查找缺失定量信息的解决办法。“加和平均”方法虽然可以解决“同一条带,多个蛋白”问题,但与真实值存在偏差,本文提出“底层整合”方法,可以很好地解决该问题,且与真实值完全相同。应用结果表明,这两个问题得到了很好解决,并最终得到准确、可靠、全面的定量结果。最后,在定量软件MSAQ 1.0版本基础上,开发了MSAQ 2.0,该软件可以解决上述两个问题,并在多个生物学问题分析中得到了应用。