科学评价与科学合理性密切相关，涉及诸多重大问题，包括归纳合理性问题。波普尔主张取消归纳法，代之以纯粹演绎的证伪法，然而他的逼真性是对理论未来品质的评价，因此不可避免地具有归纳的性质。贝叶斯方法正视归纳法的合理性问题，试图为归纳合理性提供局部辩护，进而为科学评价和科学合理性奠定基础。　　贝叶斯方法是以概率演算定理即贝叶斯定理为核心的概率归纳逻辑。贝叶斯定理的显著特征是从验前概率到验后概率的计算，在一定意义上，验后概率表示经验证据对理论假设的支持程度即认证度。通过贝叶斯定理计算验后概率，但其出发点却是验前概率。贝叶斯方法把概率解释为“置信度”，并允许在验前概率的确定上有一定程度的主观性或私人性，因此贝叶斯主义受到强烈的批评。对于这一反对意见，贝叶斯理论最有力的回答就是它的“意见收敛定理”。根据这条定理，随着证据的不断增加，通过贝叶斯定理计算的验后概率越来越趋于一致，而无论验前概率有多么大的区别。这表明，由贝叶斯方法得到的验后概率具有一定的客观性和公共性。在这个意义上，贝叶斯方法体现出主观性和客观性的统一，私人性和公共性的统一。这正是贝叶斯方法的优越性所在。　　沿着贝叶斯方法的研究纲领，从理论评价这一重大问题出发，对与其密切相关的迪昂一奎因问题和特设性假设等也都给予充分的分析和评论。二十世纪之后的科学哲学，其特征之一是将科学发现和科学验证的性质加以区分，科学发现主要是非逻辑的直觉或顿悟，而科学验证主要是逻辑的过程。因此，当代科学哲学家们把主要的注意力放在科学验证方面，也就是理论的评价和选择方面。关于科学理论的评价和选择，不同派别提出了不同的标准，逻辑经验主义的可检验的高概率、证伪主义的可证伪性、历史主义的多元性等。贝叶斯方法所采取的是认证的正相关标准，即用验后概率与验前概率的差异度来表示证据对理论的支持或削弱程度。　　迪昂一奎因问题涉及整体论与还原论之争。按照整体论观点，实验结果面对的是理论整体，一个证据只能反驳一组假设，那么，一个证据反驳某一单个假设如何可能？通常的做法是，通过修改辅助性假说或者添加特设性假设的方法来保护中心理论不受指责。以牛顿理论为例详细阐述了贝叶斯方法对迪昂一奎因问题的解决。　　贝叶斯方法在取得一系列成果的同时也引起了诸多置疑和批评，例如验前置信度的主观性和随意性，条件化原则的辩护等都是引起激烈争议的问题，有待进一步讨论。