长牡蛎是重要的经济养殖贝类,良种化、抗逆性状及快速生长个体的培育是长牡蛎养殖业得以持续发展的基础。目前飞速发展的分子标记辅助育种技术为优良品种的快速培育提供了理论基础和实践经验。本研究以长牡蛎为主要研究材料,探讨了长牡蛎SNP标记的筛选和多态性评价。本研究利用已有长牡蛎EST库中的序列进行单核苷酸多态(SNP)标记开发。通过对长牡蛎(Crassostrea gigas)已有的EST序列数据库检索,经过序列聚类和拼接得到EST簇4548个,含有不少于4条EST序列的簇共1079个,经过进一步设置筛选条件,整理出可供利用的EST簇313个,得到候选SNP位点共计1140个。目前根据候选SNP位点共设计引物82组,通过片段长度差异等位基因特异性PCR(fragment length discrepant allele specific PCR,FLDAS-PCR)的分型方法,在一野生群体中进行检测和验证,结果共有17个SNP候选位点显示多态性,期望杂合度分布区间为0.088至0.506,观测杂合度分布区间为0.091至0.667;通过哈代-温伯格(HW)平衡、连锁不平衡检验,结果显示除3个SNP位点的差异显著(P值<0.05),不符合HW平衡之外,其他14个位点没有明显的连锁不平衡。对含有17个SNP的EST的共同序列进行BlastX分析,推测其功能并确定开放阅读框,从而预测17个SNP的性质。本研究表明对于目前基因组学研究尚处在初级阶段的海洋生物物种,通过基于EST数据库的SNP开发是一条重要途径,可以有效弥补海洋生物基因组学滞后影响SNP标记开发的现状。