知识经济时代背景下,传统依靠要素驱动、投资驱动的方式逐渐难以为继,依靠创新驱动才是应对未来新一轮科技革命和产业变革的根本之策。创新资源的集约配置和科研主体间的协同创新将成为产业升级的关键支撑,而在合作主体目标导向差异的前提下,要实现合作网络中不同主体之间的耦合互动,并将有限的资源最大化转化竞争优势,产学研合作主体的协同作用就变得尤为突出,研究区域产学研合作创新系统的协同效率并进行合理测度和评估对于优化我国区域创新空间结构、促进创新资源高效配置具有重要理论和现实意义。本文以1992-2012年客观的发明授权专利为数据来源,首选阐述分析我国区域产学研合作创新系统基本面,在总结以往研究文献综述对协同效率评价的基础上,结合我国区域创新资源的分布特点,将区域产学研合作分为区域内企业-区域内高校合作和区域内企业-区域外高校合作两种模式,并基于信息熵基础理论对我国区域产学研合作系统的协同效率进行实证分析,结果表明:(1)伴随我国产学研合作政策不断升级以及经济发展与创新投入差异的不断累积,我国产学研合作网络主体间结构逐渐呈现小世界特性,各区域的创新能力出现显著的差异化;(2)我国在整体层面上协同程度呈现明显的持续增长发展趋势,信息关联效率整体变化呈现倒U型,协同转接率则呈现为整体强劲的线性增长趋势,此外体现在区域上八大综合经济区表现出差异的内外部协同特征,创新能力较强的沿海地区区域间产学研合作系统的协同程度均强于区域内,黄河中游、长江中游、西南、东北、西北地区则正好相反,其中东北地区和西北地区呈现较强的本地根植性;(3)基于行业的异质性,八大经济区的四大行业整体上呈现区域的差异性特征。电子工程行业协同程度呈现指数分布上升趋势,化学行业则比较接近线性分布,机械工程协同程度的上升趋势较为温和;仪器行业协同程度上升的趋势逐渐减缓,后期接近对数分布。