WSSV变异分析及wsv089和wsv150酵母双杂交诱饵载体的构建

来源 :上海海洋大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:acy333
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
白斑综合征病毒(WSSV)是造成全球范围内虾类养殖中经济损失的一个主要原因。为了解我国WSSV的流行变异情况,本研究对5个高变异区ORF14/15、ORF23/24、ORF75、ORF94、ORF125以及wsv089、wsv150进行了变异分析,并构建了wsv089和wsv150的酵母双杂交诱饵载体。具体内容如下:选取2017年中国部分地区的42个WSSV阳性样本,对ORF14/15、ORF23/24、ORF75、ORF94和ORF125共5个可变区进行PCR特异性扩增,分析其序列的缺失情况和重复单元(Ru)中单核苷酸多态性的变化。研究结果显示,在ORF14/15的扩增中各分离株共出现4种缺失片段,各片段之间差异较小;ORF23/24只出现11945bp的缺失片段;ORF75扩增中,总RUs数目为3、4、9,其中45bp的RUs在12、27、80位点发生多核苷酸多态性;ORF94的RUs数目为6,且均在48bp的位置出现单核苷酸多态性;ORF125的RUs数目为4、6、7不等,其各重复单元分别在20、27、50、53、61位发生碱基突变。研究结果表明,在2017年样本中来自我国不同地区的WSSV分离株之间均存在不同程度的变异情况,其中部分高缺失区表现出缺失情况的稳定性,某些可变区的重复单元数目及SNP则由于地域差异出现了不同的数目变化,SNP的位点也各不相同。目前对于WSSV不同分离株wsv089和wsv150基因变异研究相对较少,本研究针对2017年中国部分地区的42个WSSV阳性样本选取wsv089和wsv150两个位点,设计出该序列的特异性引物并通过PCR反应获取目的片段,选取阳性样本进行测序,并比对其变异情况。研究结果显示,在wsv089的PCR扩增中,共出现10个阳性样本,分别出现在福建霞美镇、广东湛江、山东东营和上海4个地区,其检出率为23.8%。与标准序列比对,福建霞美镇、山东东营和上海地区样本的核苷酸均在第72位插入ATCT,导致氨基酸出现替换和插入的现象,在第26位脯氨酸(P)替换为亮氨酸(L),在27位插入了苏氨酸(T)、脯氨酸(P)和丝氨酸(S);在广东湛江地区样本中只出现一种核苷酸的变异,均在第97位插入CCCC。在wsv150的PCR扩增中,共检出8个阳性样本,分别出现在福建霞美镇、广东湛江、山东东营和上海4个地区,其检出率为19%。其核苷酸序列均在第587位插入碱基T,导致在第196-199位出现4个氨基酸的替换,在200位氨基酸后缺失了106个氨基酸大片段,即提前终止翻译。酵母双杂交系统因其高敏性等特点近几年来在现代分子生物学发展中得到了广泛应用,是在真核细胞内研究蛋白质相互作用的一种手段。本章节对已构建好的cDNA文库进行了质量的鉴定,为筛选wsv089和wsv150与宿主互作的分子,分别构建了诱饵载体PGBKT7-089和PGBKT7-150,并对其自激性及毒性进行了检测。研究结果显示cDNA文库容量约为7.47×10~7CFU/ml,插入片段大小约为500-2000bp,符合Clontech公司的Yeastmaker?酵母转化系统对文库的要求,可用于下一步的筛选实验。经过菌落PCR以及序列分析表明诱饵载体PGBKT7-089和PGBKT7-150构建成功,并且无法激活报告基因的表达,对酵母细胞无毒性,符合实验要求。为可下一步进行筛选互作因子的工作提供了科学依据和前提条件。
其他文献
新华都收购友宝在线,是新华都解锁了智能无人零售,还是友宝在线“借壳”上市?也许是互惠互利,双方共赢新局面。从美国线上购物平台巨头亚马逊在美国西雅图开的旗下第一家实体
在体外23℃,用常规实验方法,本文测定了硫酸镁(终浓度23mmol/L)和柠檬酸钠(终浓度19mmol/L)作抗凝剂时鲤鱼(Cyprinuscarpio)血浆复钙时间,血浆稀释后的凝血时间,凝血酶原时间
<正> 血栓性外痔的特点是肛门部呈卵圆形或圆形、紫色暗紫色包块,触之甚痛,尤其大便时疼痛加剧,是肛肠疾患最痛苦的病症之一。此症以往我们常用一般疗法,如 PP 水坐浴,肛门包
编者按:中华优秀传统文化是中华民族的精神命脉和中国发展的文化根基,它包括思维方式、思想观念、道德伦理、知识智慧和价值追求等多个构成维度。在新的时代条件下,在社会现
富利素对水稻后期产量影响,经济效益分析,推广应用效果。
研究硫酸锌在不同土壤类型、施锌量、稻作类型和施用方式下的施用效果.结果表明,施用硫酸锌可提高水稻抗逆性,增产效果明显,施用硫酸锌产量平均为460.96kg/666.7m2,比对照增
温州市大门大桥承台呈六边形,设计成防撞钢套箱结构,同时作为海上承台施工的挡水结构物,底板兼做钻孔作业平台。本文结合该桥钢套箱整体下放施工设计的创新实践,介绍了整体下
基于对1 273个农民的调查,从社会资本理论视角实证分析农民信任的影响因素及其培育对策。因子分析和均值分析发现:农民的信任程度可以分为特殊信任、一般信任和制度信任,农民
以PLC为控制器,Pt100为温度传感元件,AI-808仪表为变送单元,固态继电器为执行元件设计了水箱温度控制硬件系统;利用PLC自带的PID软模块以及PULSEGEN软模块设计了相应程序;系
在2013中国互联网大会上,有一个展台非常火热,吸引着众多与会者的关注,它就是友宝公司的自动售货机展台。友宝自动售货机此次引发关注有一个很大的亮点是可以用微信购买它里