知识产权制度的本质是鼓励创新。知识产权的保护与权利行使,目的应在于促进技术的革新、技术的转让与技术的传播,以有利于社会及经济福利的方式去促进知识的生产者与使用者互利,并促进权利与义务的平衡。因此,知识产权制度是一种分配权利与利益的均衡器。鼓励创新者的智慧投入,在法定的范围内赋予创新者以垄断权,从而促进技术进步和社会发展,是知识产权制度存在的根本价值所在。知识产权与创新的联系如此紧密,实际上,知识产权制度产生本身就是私法领域产权创新的结果。现代生物技术作为新兴技术的典型代表,其发展离不开技术创新,而赢得创新所得离不开知识产权的保护。现代生物技术产业的自身特点决定了知识产权对于现代生物技术的重要性以及特殊性。很多学者认为现代生物技术的发展是类似于中国这样的发展中国家赶超发达国家的一大契机。因此,深入研究现代生物技术中主要客体的知识产权保护,从企业的角度出发研究现代生物技术企业知识产权保护的策略选择,打开技术创新过程中知识产权保护的黑箱,具有重要的现实意义和理论价值。本文在回顾知识产权和技术创新两大基础理论的基础上,介绍了现代生物技术的五大基本工程及其相互关系,选取其中处于核心地位的基因工程以及有“第二代基因工程”之称的蛋白质工程为代表,探讨其中主要客体的知识产权保护,为后文有关现代生物技术企业的知识产权策略提供了法律上的理论支持。基因工程的知识产权保护中主要讨论了三种客体,即基因工程所使用的技术与方法;基因本身;基因工程所得到的最终产品的知识产权保护策略。蛋白质工程的知识产权保护中主要探讨了蛋白质三维结构和蛋白质数据库的知识产权保护策略。在相关客体的知识产权保护的研究基础之上,提出了相应的政府立法建议和相关企业的应对策略。在上述研究的基础上,本文进行了现代生物技术企业的知识产权策略研究,比较了可供选择的知识产权保护的手段,给出了该类企业在技术创新的不同阶段所应采取的不同知识产权策略的理论模型,并进一步用多案例研究加以实证和解释。主要研究内容包括:(1)现代生物技术企业知识产权保护的手段选择。①分析现代生物技术企业本身的特点;②探讨专利、专有技术、著作权、商标等主要知识产权保护手段的特点及优劣势;③给出现代生物技术企业在知识产权保护手段上进行选择和权衡的依据。(2)基于创新过程的现代生物技术企业知识产权策略研究。①结合技术创新过程的相关理论,提出了本文对于现代生物技术企业技术创新过程的划分;②分析了现代生物技术企业在不同创新阶段知识产权的特点;③建立了基于创新过程的现代生物技术企业知识产权策略的理论模型。(3)现代生物技术企业在创新的不同阶段的知识产权策略典型案例研究。本文选取了处于创新不同阶段,企业规模及实力差异较大的,比较有代表性的三家生物制药企业——国际生物制药巨头美国辉瑞、中国生物制药龙头企业成都地奥和中小型生物技术企业的代表成都NDS公司作为研究对象,探讨在不同的创新阶段中它们各自采用的不同知识产权策略,验证上述基于创新过程的现代生物企业知识产权策略的理论结论,总结其成功经验和失败教训,为实践提供参考。最后,基于中国的实际情况,本文讨论了中国作为发展中国家在现代生物技术的发展中所面临的一些特殊问题。针对其中的生物剽窃和生物技术专利池的构建做了深入分析,并提出了相应的对策和建议。