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小麦叶锈病是严重危害世界许多国家小麦生产的主要流行病害之一，也是我国小麦生产上的重要病害。实践证明，选用抗病品种是防治小麦叶锈病的根本措施和有效途径，深入研究小麦叶锈菌生理分化现象对于抗病育种的合理布局具有十分重要的指导意义。 AFLP是近年来发展起来的一种高效分子标记技术，目前主要应用于高等哺乳动物和植物研究。本研究利用这种技术对来自东北、华北、华东三大小麦产区的共60个小麦叶锈菌菌株进行了分子多态性分析，并与传统的毒性多态性进行了比较，主要结果如下： 1、建立了一套适合小麦叶锈菌AFLP指纹分析的最适体系。该体系中各优化因素为：①酶切时间为3h：②连接条件为22℃3h，16℃10h；③连接产物最适稀释到5倍；④预扩增产物最适稀释到5倍。 2、利用12个固定鉴别基因、17个辅助鉴别基因以及感病对照Thatcher作为鉴别寄主，对60株小麦叶锈菌作致病性鉴定。结果表明毒性相似系数差异较大，在0.58～0.97之间，并且毒性类群与地理来源具有一定的相关性。 3、利用AFLP银染技术，从64对引物组合中筛选出62对引物组合对60株小麦叶锈菌进行分子多态性分析。得出的分子遗传相似系数差别较小，为0.74～0.87之间。另外，小麦叶锈菌AFLP群体遗传分化与地理来源密切相关。 4、比较小麦叶锈菌在30个鉴别品系上的毒性特征和以62对引物组合建立的AFLP聚类分析树状图，发现二者之间有一定的相关性，但不完全相关。