随着改革开放和市场经济的发展，我国农业发展进入转型期，为了适应目前市场经济对于农业发展提出的新要求，满足农业产业化经营的需要，农村出现了一种新型的互助合作经济组织——农民专业合作社。农民专业合作社的产生提高了农民的组织化程度，对于提高农民收入、提升农产品质量、促进农业发展具有重大的意义。2006年12月31日《农民专业合作社法》的出台，标志着我国农民专业合作组织的正式形式得到了法律的认可。同时，2004年至今的“中央一号文件”也都进一步强调了要重视农民专业合作社的发展。我国于2008年颁布了《农民专业合作社财务会计制度（试行）》，进一步为农民专业合作社的财务运行提供指导标准。经过近30年的发展，农民专业合作社取得了一定的成就，尤其是农民专业合作社的数量猛增，但其运行的规范化程度不高，其内部运行机制存在诸多问题，财务会计核算中的问题尤为突出。本文在综合了目前国内外相关研究的基础上，以农民专业合作社理论、制度变迁理论、财务管理理论和会计理论等相关理论为基础，运用规范分析与实证分析相结合、问卷调查与访谈调查相结合等研究方法，主要进行了以下三方面的研究。首先通过对河北省内126家农民专业合作社进行问卷调查（从中选取有效问卷100份），并对数据进行统计分析，深入了解了河北省农民专业合作社财务运行现状，从中发现，很多农民专业合作社存在记流水账、白条入账、财务人员欠缺、盈余分配不符合要求等问题。其次，通过实地走访总结了存在问题的制约因素，包括合作社自身运行不规范、人才吸纳能力不强、发展资金短缺、获取原始凭证存在难度以及财务会计制度本身存在较难理解和待完善之处。最后，针对这些制约因素提出完善的建议，包括：规范内部运行、建设人才队伍、阶段性划分盈余、统一专用凭证等会计制度外手段；梳理会计制度中较具特色的林业资产、牲畜（禽）资产和成员往来账户的核算方法，提出改进会计制度中资产价值的核算、专项基金的核算、长期待摊费用的核算等制度内的建议。本研究的创新之处在于，通过对河北省100家农民专业合作社进行实证研究，找出了农民专业合作社在财务运行中存在的不足，提出了农民专业合作社财务会计制度不尽完善之处，并提出了解决问题的建议。其目的是发现目前河北省农民专业合作社财务运行中的瓶颈，建立完善的农民专业合作社财务会计核算体系，为农民专业合作社的健康发展建言献策，进而为我国现代农业发展提供健康的组织保障。