华东汉族高信息量Y-SNP位点的筛选及分型方法的建立

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实验目的:筛选出在中国华东汉族人群中具有高度信息量的Y-SNP位点,联合运用多重PCR技术和质谱技术、微测序技术,建立Y-SNP分型方法,为特殊的亲缘关系鉴定提供分型平台,同时探讨微测序方法对男女混合DNA样本检测的适用性,并累积我国的Y-SNP群体遗传学资料。实验材料:在知情同意的原则下,收集华东汉族无关男性个体血样343份,Y-STR有突变的同一父系血样23对,4℃保存备用。检测时取男性DNA标准品9948、2800M作为阳性对照,实验中的混合样本由男性DNA标准品9948和女性DNA标准品9947A混合制成。实验方法:根据Y染色体系统树及生物信息数据库(NCBI)中的Y-SNP信息,选择在东亚人群中具有多态性的Y-SNP位点71个用于多重PCR技术和质谱技术的分型,从中筛选出在华东男性群体具有中高度信息量的位点近30个,建立多重PCR技术和SNaPshot分型技术,应用于同父系个体(生物学父子、兄弟、叔侄、爷孙等)的Y-SNP分型,分析其遗传稳定性;另外,为了评估该法用于强奸案检验的可能性,对男女混合DNA样本(按1∶1、1∶4、1∶9、1∶19的比例混合)进行了Y-SNP分型,考察男性成分的分型结果能否不受女性物质的干扰。实验结果:得到71个Y-SNP位点的群体遗传学数据。经统计学分析,其中18个位点在华东汉族男性群体具有高度信息量(GD≥0.3),32个位点具有中度信息量(0.2≤GD<0.3)。为了使该技术手段能推广应用于各个法医物证学实验室,最终选定29个Y-SNP位点,建立了多重PCR技术和基于微测序原理的SNaPshot分型技术。这29个位点(rs9785908、rs9786247、rs2267801、rs17269816、rs17276358、rs9786707、rs2032678、rs11096432、rs2032674、rs13447354、rs17276345、rs17842387、rs16980363、rs17269928、rs2032665、rs9306848、rs4589047、rs16980610、rs16980641、rs2075640、rs9306845、rs9786502、rs16980601、rs17174528、rs16980426、rs17316592、rs11096433、rs52812045、rs2075181)均具有较高的多态性(GD≥0.2),共检测到64种单倍型.对于日常检见的Y-STR突变案例(父子、兄弟、叔侄、爷孙等),运用所建立的29个Y-SNP位点的多重PCR扩增和SNaPshot分析技术进行检测,分型结果均吻合,证明了SNP位点遗传的稳定性。关于男女混合样本,在四种混合比例下(1∶1、1∶4、1∶9、1∶19),均能得出男性样本的分型,且结果清晰、可靠。结论:本课题从Y染色体上筛选出了适合华东汉族人群亲权鉴定和个体识别的多态性Y-SNP位点,并建立了质谱分型方法,最终选定29个位点所建立的微测序法适用于法医物证学办案实际,在某些疑难案件的鉴定中可以发挥重要作用。同时,本课题所建立的技术方法还有助于我国DNA数据库的完善和人类学研究,并能运用于人口迁移进化、人口历史和家系变化等多个研究领域。
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