农民专业合作社是发展我国农村经济的重要载体,在农业产业化、新农村建设的发展进程中发挥着积极作用。随着《农民专业合作社法》的颁布,我国农民专业合作社蓬勃发展,呈现出一幅欣欣向荣的景象。但与西方农业合作社一百多年的发展历史相比,我国的农民专业合作社的发展仍处于初级阶段,在发展中存在着一些不容忽视的潜忧,比如农民专业合作社的独立性问题、资本制度不完善问题、“民主管理”原则虚设问题等,这些问题制约着农民专业合作社的规模与速度、制约着农民专业合作社的健康发展。目前,在国家大力发展农民专业合作社的背景下,探讨农民专业合作社法律制度的完善已成为当务之急。通过研究可知,我国目前农民专业合作社存在的问题不仅仅是由于自身组织构建上的问题。因此,本文在研究农民专业合作社现状的基础上,分析了农民专业合作社存在的问题,并对这些问题进行了阐述。从农民专业合作社所涉及的外部法律关系入手,摆正其与政府、村民委员会、市场的法律关系。并在借鉴国外成熟的合作社运作模式基础上,对农民专业合作社的内部治理结构目前存在的问题,结合问题产生的原因,分别从资本制度、激励机制、内部人控制、民主管理四个主要问题切入,分析探究了促进农民专业合作社发展的对策。笔者认为正确厘清农民专业合作社的内外法律关系,从而从根源上探讨农民专业合作社的现实困境,可以为今后农民专业合作社法律制度的完善提供一些借鉴。