鉴于我国土地使用权交易市场审批制度严格、交易成本高昂,部分企业遂采取股权转让的方式以实现土地使用权实质性控制权的转让。目前,我国股权转让与土地使用权转让的税收政策存在差异,国家税务总局出于反避税目的发布了国税函[2000]687号、国税函[2009]387号、国税函[2011]415号,虽然这三份文件是针对特定案件出具的批复,其指导意见也并未抄送各地方,但其遵循“实质课税原则”,将这类股权转让认定为土地使用权转让征收土地增值税的处理方式却具有指导性作用,成为了部分税务机关执法的参考,甚至扩大影响至增值税等其他税种的征收。然而,股权转让并未改变土地使用权的所有者,将其视同土地使用权转让课税的必要性、合法性与合理性尚有争议。基于此,本文以股权转让视同土地使用权转让的税收争议为研究主体,在对比分析股权转让与土地使用权转让税收政策的基础上,选取了行政机关对此类行为采取不同认定方式的两个案例进行分析,探讨相关税收政策存在的问题,从而提出解决争议、完善政策的相关建议。本文的创新之处在于政策梳理与案例分析部分充分运用对比分析,对照两种认定方式的适用政策、法理依据及经济后果,突出争议的焦点,更直观地展现现行税收政策的实施效果。文章由导论、基本理论、政策梳理与评析、案例探讨、政策建议五个部分组成。导论对选题背景及意义、文献综述、研究方法与内容、创新和不足进行了说明。基本理论明晰了股权转让、土地使用权转让与避税的概念,阐述了相关理论依据,并对股权转让视同土地使用权转让课税的适用原则进行分析。政策梳理与评析部分主要就股权转让与土地使用权转让的政策进行梳理,探究其区别与内在联系,明确股权转让视同土地使用权转让的具体情形,分析现行政策存在的问题及其影响。案例探讨部分选取了两个审判意见相反的典型案例,对其进行了法理及经济后果分析。政策建议则是基于前文分析,为解决争议提出了相关建议。通过研究,得出争议性股权转让行为并未改变土地使用权所有者,认定为土地使用权转让课税扩大了“实质课税原则”的适用范围,违背了税收法定原则,且存在诸多税收征管难点,易造成纳税检查双主体以及异地税收征管的问题,征管成本较高,不仅会导致重复课税也不利于我国土地资源的优化配置,与我国的房地产发展现状不相适应。因此,我国应尽快出台相关税收政策,明确股权转让与土地使用权转让的区别,对其不予课征土地增值税及增值税,同时建立相关的监督管理机构防止企业借此从事违法活动,以促进我国房地产行业良性循环和健康发展。