近年来,随着国家对科研活动重视程度的不断提高,经费投入比例不断加大,科研经费管理及使用效率逐渐成为社会关注的焦点。作为参与国家科技计划课题研究的重要主体,企业为我国的高端技术发展做出了较大贡献。但长期以来,由于对专项科研经费管理与内部控制的研究对象多以高等院校及科研院所为主,且在组织架构、设立目的、资金来源等多方面存在差异,导致对高等院校及科研院所科研经费内部控制研究的现有成果并不完全适用于企业。对新兴的高新技术企业来说,在对专项科研经费管理的使用上存在一定的共性问题,且相关的案例研究相对较少。本文通过分析具有一定代表性的高新技术企业C公司在专项科研经费管理中存在的问题及现有内部控制制度存在的不足,对现有流程提出了相应的优化设计。基于内部控制以及全面预算管理理论,本文通过调查研究、文献综述和案例研究,首先对选题的意义及研究背景进行了阐述,指出目前国家用于科技研发的经费逐年增长,高新技术企业承担了较多国家级科技计划课题,同时对承担相应课题的企业在专项科研经费管理方面存在的共性问题做了分析。其次,通过梳理相关理论及文献综述,了解了前人的具体研究成果及尚存的不足,为对C公司的案例研究展开做了铺垫。第三,通过描述专项科研经费管理的一般化流程,指出C公司现有流程存在的不足和内部控制制度存在的缺陷,以及缺少流程导致的后果及其成因。最后,通过确定优化思路及目标,提出相应的优化原则,并根据目前课题预算申报、课题预算执行及课题结题验收三个阶段存在的具体问题,对C公司内部控制流程进行了优化设计,加强相应的环节控制,设立关键控制点,对经费使用与管理进行有效监督。总之,本文将对承担国家级科技计划课题的高新技术企业专项科研经费管理提供一定的参考价值。