随着政府收支分类改革、部门预算管理、行政事业单位会计制度改革的不断实施，带动和引导各级行政事业单位加强科研项目预算资金管理，提高科研项目资金使用效率，提升科研工作服务质量和专项资金管理水平。通过对吉林省科研专项资金管理的研究，尤其是对现行财务管理系统、企业管理系统对比分析，结合行政事业单位科研人员及专项管理人员的提议与要求，着力构建更加科学合理的，适用于项目资金管理的信息系统。并根据科研单位的特点，分析了吉林省科研事业单位项目经费管理的方式、项目经费内部控制的实际情况，针对目前存在的众多科研项目资金理论研究中不同管理方法、以及科研资金对不同时期和不同领域的适应性要求，对传统的手工报销方式进行革新，实现了网上报销控制、管理对接服务，优化了经费报销结构、时间。全文共分五章：第一章提出了本文的研究背景、意义、内容、创新点和研究方法，明确了论文的基本构架和研究内容。第二章是系统需求分析。在参考国内外有关项目经费研究的基础上，进行系统对比分析，确定系统开发结构、系统开发规则，并设计项目资金来源主体、渠道和使用情况的需求。第三章是系统设计。系统功能模块设计，系统运行业务流程设计，系统操作规程设计，并详细介绍了项目经费信息系统管理平台的总体设计方案和各相关结构的主要功能。第四章是系统内控体系论述。按照内部控制的五项原则对内部控制的五要素进行了详尽的分析设计，制定了严格的会计管理控制工作规范，并就如何通过系统进行内部控制管理进行了详细的论述。第五章是对系统的评价展望。全面评价系统运行优缺点，并对系统进一步的完善研发提出展望。通过本系统对项目资金细化分类管理使资金使用者随时了解科研项目资金使用情况，进而掌握科研工作进展情况，从而实现科研项目资金使用、科研项目完成情况等能有效和项目预算管理相匹配，将资金报销流程和科研业务流程有机结合起来，有效发挥项目资金效率，形成了具有行业特色的内部控制财务信息管理系统。