基于Gay-Berne势和电多极势的粗料化模型对有机分子体系的动力学模拟

来源 :辽宁师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lizhaoxin1983
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高分子科学领域的计算机模拟技术已经得到了迅猛的发展,几乎高分子物理和化学的各个领域都在使用计算机模拟技术。然而,关于高分子链体系在微观尺度上模拟,由于现在计算机计算能力的限制,这种模拟仍是一件非常困难的事情。粗粒化模型对于一些特定的高分子体系能够很好地解决这个问题。本文当中,主要介绍基于粗粒化势和电多极势对几个有机分子体系进行粗粒化分子动力学模拟。   分子动力学是模拟大量粒子集合体系中单个粒子运动的一种手法,这里最关键的概念就是运动,即准确记录每个时刻粒子的位置和动量随时间的演化,分子动力学中质点可以是原子、分子、或更大的粒子集合。然后再利用统计计算方法得到多体系统的静态和动态特性,从而得到系统的宏观性质。   粗粒化分子动力学通过各向异性的粗粒化方程把分子间的相互作用处理成软的单轴椭球相互作用,这样就得到了范德华粗粒化势。点多极展开包括质心处的点电荷、偶极矩、四极矩,这样可以得到粗粒化势。粗粒化势和点多极势在全原子惯性坐标定义的质心坐标系里合并在一起。具体过程,构建新力场,取出成对分子多组不同构象。然后拟合出粗粒化参数以及进行二百个分子的粗粒化分子动力学。最后,分析比较了全原子分子动力学模拟和粗粒化分子动力学模拟结果。一些流体分子的分子动力学模拟已经使用了这种粗粒化模型。这种模型不但把计算效率提高了几个数量级,而且计算结果和全原子的结果以及实验数据显示出合理的一致。我们也讨论了这种粗粒化模型用于极性分子和分子体系。  
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