随着生物科技的进步,越来越多的蛋白质结构被测定出来。蛋白质分子的空间结构是研究其功能的基础,而分子表面作为分子结构的重要组成部分,在分子结构可视化和分子对接等问题的研究中具有非常重要的作用。因此,通过计算的方法研究蛋白质分子成为分子生物学领域的重要课题。本文对蛋白质分子表面三角网格模型构造和分子能量分布在表面特征分析中的应用做了深入研究,主要内容包括以下三个方面:1)改进了原始的Contour-Buildup算法。将提取表面原子与Contour-Buildup算法相结合,使得分子表面的计算只在表面原子中进行,提高了计算的速度和效率。在蛋白质分子表面三角化的过程中,利用Contour-Buildup算法的结果,改进了凸球面的三角化方法,不再需要额外计算即可实现马鞍面与凸球面之间的无缝拼接,最终得到分子表面的完整三角网格模型。2)在计算对接生成的新化合物分子表面三角网格时,提出了一种新的局部绘制方法。该方法只需重新计算对接部分的分子表面,而非新化合物分子的整个分子表面,从而提高了新化合物分子表面三角网格的生成速度,节省了大量的计算时间。3)通过分析分子表面静电势能的分布情况,揭示了分子表面特征区域的能量分布特点,为分子表面特征区域的识别提供帮助,从而可以进一步为分子对接位置的确定提供帮助。