本文于2004-2005年间分别收集了中国沿海(包括渤海湾30个站点、长江口10个站点、台湾海峡6个站点)不同深度的底泥样品。通过三个海域的比较研究，分析我国沿海底泥中甲藻孢囊的种类组成和数量分布情况，寻找甲藻孢囊在各海域水平和垂直方向上的分布规律。根据孢囊的形态特征，三个海域共观察到30种甲藻孢囊，其中有5个未知种。渤海湾孢囊种类数最少但也达22种，其次是长江口有24种，台湾海峡最为丰富有30种。各海域甲藻孢囊均以异养型孢囊为主，反映了中国沿海污染的趋势。三个海域均发现两种产麻痹性贝类毒素的孢囊，塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)和链状裸甲藻(Gymnodinium catenatum)它们在海区分布广泛但数量较低。通过对研究数据的统计分析发现，中国沿海甲藻孢囊的分布有由北向南逐渐增加的趋势。渤海甲藻孢囊的数量仅为163 cysts／g DWt；其次是长江口平均密度是398 cysts／g DWt；台湾海峡最为丰富，平均达817 cysts／g DWt。香农威弗多样性指数(Shannon-Weiner diversity index，H’)的统计结果渤海湾范围在1.18～3.20之间，长江口在2.57～3.27之间，台湾海峡为1.93752～3.65758。各海域不同深度上的种类组成、数量分布以及生物多样性指数的变化范围也均有不同。渤海湾不同深度的孢囊数量变化范围是136～202 cysts／g D Wt，生物多样性指数为2.78～2.88；长江口不同深度的甲藻孢囊密度在351cysts／g DWt～432cysts／g DWt之间，生物多样性指数变化为2.57～3.27之间；台湾海峡不同深度的孢囊数量在926～626 cysts／g D Wt之间，生物多样性指数变化范围在2.6097～3.0110之间。整体上看大多数站点或不同深度甲藻孢囊的密度与其生物多样性指数呈负相关。