西藏地区羊的养殖通常以个体放牧养殖为主，管理的粗放和对寄生虫的忽略认识导致寄生虫病经常发生。寄生虫病常常造成羊的生产性能下降、消化能力降低、体重减轻、羊毛质量下降等问题，造成发病率和死亡率的上升，并导致巨大的经济损失。迄今为止，国内外关于羊寄生虫感染情况和诊断调查较多，但西藏地区作为传统牧区，关于羊肠道寄生虫的研究相对缺乏。一般情况下对于寄生虫的认识也限于对病死动物的处理和屠宰场的脏器的采集。而对于一些寄生虫的种类、致病性的调查和认识不足。检测的结果也受到检测条件和技术人员水平的影响。一些重要的人兽共患寄生原虫在光学显微镜检查中也难以检测到其病原体。应用现代分子生物学技术不仅可以对一些重要的人兽共患病原体进行调查，对于其系统进化和种群遗传及其溯源也可以提供技术支持。　　为进一步了解西藏羊肠道寄生虫的感染情况，掌握它们在不同放牧方式下的感染的流行病学特征。本研究于2016年6月-7月在西藏地区林芝地区工布江达县、山南地区乃东县、扎囊县和贡嘎县、日喀则地区南木林县、谢通门县共采集了880份羊粪便（绵羊粪便620份，山羊粪便260份）。通过镜检在785份粪便样品中发现8类寄生虫的虫卵或卵囊，总体感染率为89.2％(785/880)。其中绵羊总体感染率89.68％(556/620)，山羊总体感染率为88.07％(229/260)。在绵羊寄生虫的调查中，共检测到7种肠道寄生虫。其中球虫的感染率最高，感染率为79.2％(491/620)，阿米巴原虫、圆线虫、毛首线虫、细颈线虫、莫尼茨绦虫和肝片吸虫的感染率分别为30.16％(187/620)，40.48％(251/620)，7.58％(47/620)，2.42％(15/620)，2.42％(15/620)，0.97％(6/620)。在260份山羊粪便样品中。检测到6种肠道寄生虫的感染。其中以球虫的感染率最高，感染率为81.2％(211/260)。阿米巴原虫、圆线虫、毛首线虫、莫尼茨绦虫、结肠小袋纤毛虫的感染率分别为29.6％(77/260)、16.2％(42/260)、5.4％(14/260)、1.9％(5/260)、0.4％(1/260)。在固定居所周围放牧羊的肠道蠕虫感染率显著高于游牧羊群肠道寄生虫的感染率。　　球虫病是造成羔羊死亡的重要因素，且根据上述研究，球虫也是感染藏羊的优势虫种。羊可以感染不同种类的艾美尔球虫，不同种类的艾美尔球虫致病性不同。为了解羊艾美尔球虫种类的感染情况，本调查共检测到695/880份球虫阳性样本，因部分样品感染量小，未进行球虫孢子化培养，对进行培养的638份球虫阳性样品（其中山羊209份，绵羊429份）了形态学定种。共检测到12种绵羊艾美尔球虫，12种山羊艾美尔（Eimeria）球虫。检测到的绵羊艾美尔球虫感染率为颗粒艾美尔球虫(Eimeria granulose)7.7％(48/620)，槌型艾美尔球虫(E.crandallis)2.6％(16/620)，巴库艾美尔球虫(E.bakuensis)11.0％(68/620)，错乱艾美尔球虫(E.intricate)2.7％(17/620)，阿撒他艾美尔球虫(E.ahsata)4.5％(28/620)，类绵羊艾美尔球虫(E.ovinoidalis)21.8％(135/620)，浮氏艾美尔球虫(E.faurei)17.6％(109/620)，贡氏艾美尔球虫(E.gonzalezi)8.5％(53/620)，马尔西卡艾美尔球虫(E.marsica)12.9％(80/620)，苍白艾美尔球虫(E.pallida)31.3％(194/620)，小型艾美尔球虫(E.parva)39.4％(244/620)，温布里吉艾美尔球虫(E.weybridgensis)4.0％(25/620)。12种山羊艾美尔球虫感染率分别为:艾丽艾美尔球虫（E.alijevi）52.7％(137/260)，苍白艾美尔球虫（E.pallida）50.8％(132/260)，克氏艾美尔球虫(E.christenseni)10.8％(28/260)，柯察艾美尔球虫(E.kocharli)9.6％(25/260)，家山羊艾美尔球虫（E.hirci）8.8％(23/260)，阿普艾美尔球虫(E.apsheroniea)7.3％(19/260)，阿氏艾美尔球虫(E.arloingi)5％(13/260)，山羊艾美尔球虫(E.caprina)4.2％(11/260)，约奇艾美尔球虫（E.jolchijevi）2.7％(7/260)，斑点艾美尔球虫(E.punctata)2.7％(7/260)，妮氏艾美尔球虫（E.ninakohlyakimovae）1.5％(4/260)，羊艾美尔球虫(E.caprovina)0.4％(1/260)。依据本次调查山羊球虫的结果和艾美尔球虫孢子化卵囊特征，制订了山羊球虫检索表。本次调查显示山羊与绵羊混合感染2～7种球虫，不同采样地点混合感染率有差异。山羊和绵羊主要感染1～4种球虫，其中感染艾美尔球虫种类中以感染两种不同数量的艾美尔球虫最多(236/638)。　　毕氏肠微孢子虫是一种细胞内专性寄生的病原菌，感染宿主范围广，包括人类在内的多种脊椎和非脊椎动物，而且在一些水和蔬菜中也能检测到。在近几年，在绵羊和山羊中进行了一些毕氏肠微孢子虫的调查，一些人兽共患基因型也在绵羊和山羊中的调查中发现。为评估西藏地区羊的毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoon bieneusi）分离株的潜在人兽共患性威胁，本研究通过对不同E.bieneusi分离株基于其核糖体RNA内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)基因进行系统进化分析，以探究西藏部分地区藏羊的微孢子虫流行情况和遗传特征。本研究共对880份羊粪便样品进行检测，在测序成功的118份阳性样品中共有12个基因型。其中GenotypeⅠ、CHG1、BEB6和EpbC为已知基因型，8个新基因型命名为NEW1～8。本次调查中NEW3、NEW4和EbpC是优势基因型。本研究检测到的12个基因型分别被划分到两个进化枝中，其中BEB6、CHG1和GenotypeⅠ、以及新基因型New1、New2、New3、New5、New6、New7、New8处于进化树中有一定人兽共患风险的Group2中。基因型EbpC，NEW4在进化树中位于具有高度人兽共患风险的Group1中。　　贾第虫作为一种致腹泻的肠道原虫，可在人和多种动物之间广泛的传播。十二指肠贾第虫也是羊体内常见的肠道寄生原虫。基于SSU rRNA、TPI、BG和GDH基因，在西藏藏羊粪便样品中检测出十二指肠贾第虫阳性样品，总感染率为0.57％(5/880)，检测到感染的基因型为集聚体E，检测到的基因亚型为集聚体E。　　本研究对藏山羊、藏绵羊肠道寄生虫进行了调查，并对不同的E.bieneusi分离株进行了系统发育分析和人兽共患性风险评估，对更好的保护藏羊的品种独特性并减少肠道寄生虫对藏羊和人类的威胁有积极的意义，并对藏羊的肠道寄生虫病的防控提供一定的理论参考依据。