健康权是公民最基本的权利，从社会公平、正义的角度出发，保障所有公民都能享受到基本的公共卫生服务和基本医疗服务是当代政府不可推卸的职责。但是从现实来看，我国的卫生服务状况并不乐观。虽然，地方政府卫生支出的规模不断上升，但地方政府卫生支出的效率问题却没有引起足够的重视。对地方政府卫生支出效率的忽视，不仅延缓了我国新医改目标的实现，而且也给各级财政优化支出结构带来了困难。所以，研究我国各省份政府卫生支出效率的现状和影响因素，不仅具有重要的理论意义，而且在政策实践层面也显得非常紧迫。本文运用三阶段DEA方法和Malmquist指数方法，研究了我国地方政府卫生支出效率，并且分析了2007-2009年我国地方政府卫生支出效率的动态变化过程。研究得出以下结论：1、通过运用三阶段DEA模型，在剔除环境因素和随机因素影响以后，我国各省（自治区、直辖市）地方政府卫生支出效率表现不容乐观，综合效率均值仅为0.456，且主要受制于纯技术效率低下。另外，纯技术效率在调整后均处于低位，且存在显著差异，说明我国地方政府卫生支出的技术管理水平相对较低。2、我国地方政府卫生支出效率受人口密度、人均GDP和财政分权的影响。这一点可从第二阶段SFA回归分析中人口密度、人均GDP和财政分权对投入冗余的回归中体现。各环境因素对卫生投入冗余的影响方向不一。3、从地方政府卫生支出的动态效率看，Malmquist指数的持续低于1，表明我国地方政府卫生支出的全要素生产率持续下降，呈现负增长。因此，根据实证结果，本文建议根据分析结果找出造成不同地区之间政府卫生支出效率差异的原因，明确需要改进的方向，制定区域化的支出策略，提高财政预算制度的透明度和民主性，加强预算执行的监管，提高地方政府卫生支出效率。