本论文着重研究了以下两方面的内容：研究腐乳发酵菌种雅致放射毛霉和少孢根霉的生长特性，通过测量菌落直径和生物量的增长来确定温度和水分活度（相对湿度）的波动对它们生长的影响从而确定其生长的最佳条件分别为：温度25～30℃和35～40℃，a_w0.98～0.99和0.99；结果证明少孢根霉可用于夏季高温时腐乳的生产。另外，本文还通过用PCA、MRS、VRBG、OGYE四种不同选择性培养基跟踪检测腐乳生产过程（豆腐、毛坯、腌坯以及后发酵阶段）中微生物菌群（总细菌、乳酸菌、肠道菌和真菌）的变化，研究结果表明：在毛坯阶段微生物检出最多，此后随着腌制、灌汤后发酵，受盐和酒精协同作用的影响，肠道菌和真菌迅速减少，总细菌在发酵后期稍有减少，而乳酸菌受盐度影响有不同变化，盐度≤5％的样品早期出现酸腐即为乳酸菌大量繁殖的结果，高于5％样品则呈现下降趋势。真菌主要检出毛霉、黄曲霉、青霉和酵母菌，且检出阶段很短。总体上白方和青方中微生物检出数量明显少于红方。这些微生物都有各自分解蛋白的能力并降解形成不同的产物，与腐乳的风味和品质密切相关。如果在今后的研究中将微生物菌群的变化与同期腐乳生理生化的变化有机结合起来，对于改善腐乳生产、开发新产品具有重大意义。