十八届三中全会通过的《中共中央关于全面深化改革若干重大问题决定》（以下简称《决定》）提出：“全面深化改革的总目标是完善和发展中国特色社会主义制度，推进国家治理体系和治理能力现代化。”推进国家治理体系和治理能力现代化的目标，为我们深入思考和认识农村治理问题提供了前所未有的新角度和新视野。推进农村治理体系的现代化，有利于农村秩序的稳定和政治整合能力的提升。本文以“国家与社会”之间的互动为理论支撑点，主要讨论当前农村治理权威的冲突及其治理问题。通过对中国农村权威结构的变迁的研究，提出了农村正式权威、非正式权威共同组成的同步异向“双螺旋”运动，构成了当前农村基层社会权威互动的基本结构，但是不论是在正式权威还是非正式权威内部也面临着冲突，如何整合并治理好这些冲突是当前农村改革和发展的重要着力点。现有农村治理的结构困境与矛盾，导致农村基层政权公信力与合法性逐渐丧失和治理效率日益降低，这在客观上要求完善农村治理机制，调整和改革县乡政权体制，重建政府与农民的关系，吸纳农村非正式权威参与治理，建立正式权威与农村社会非正式权威共管共治的多元治理体系。本文所考察的中国农村治理体系变迁主要是指新中国成立以后的中国乡村治理。全文共分五部分：第一章导论部分包括研究缘起与意义、研究现状与问题、研究内容与方法和研究的思路与目标。第二章主要厘定了治理、农村治理、权力、权威等相关的概念，并对农村治理权威作了分类。第三章主要是描述了农村社会治理体系的变迁，主要包括乡（行政村）政权共存制时期、乡政权制时期、人民公社制时期和“乡政村治”体系时期等四个发展阶段。第四章探讨当前正式权威与非正式权威的关系及互动状况，特别是论述了正式权威内部的结构性矛盾和非正式权威面临的碎片化外在困境。第五章就农村正式权威主体和非正式权威主体之间的互动提出建议，认为二者之间的博弈和利益的整合是农村秩序保持稳定的基础。