运输收入清算办法是铁路改革的一大难点,随着中国铁路运输体制改革的不断深化,财务体制的改革必须服从于整个铁路管理体制改革的需要.该论文从清算办法的历史研究出发,把历史上的清算办法归纳为管、直模式、计划分配模式和清算单价模式,并发现清算办法历史演变的矩阵走势.指出以往的清算办法在理论上、清算项目上和清算结构上都存在局限,并给出了历史对今后改革的启示.通过现行清算办法以及标准成本的研究,该论文认为现行清算办法在理论依据上、在清算项目上、在清算对象上及在清算模式上都具有质的突破.但在特定的铁路管理模式下,此办法仍然带有历史继承性和历史局限性.模拟区域运价并不能永远代替真实区域运价,本质上看这种方法是最终直接从市场上取得收入这一改革目标的过渡方案.中国铁路"网运分离"未来改革模式的设想和以设想模式为出发提出运输收入的清算办法足该论文的核心内容.在分析了铁路改革的必要性之后,该文认为交易费用理论是"网运分离"的理论基础,分类建设和分类经营是铁路体制改革的前提.按照专业化的原则和权力制衡的原则,提出了中国铁路改革"网运分离"的模式,并以此为基础,回答了全路如何进行资产重组,未来模式下铁路运输收入如何清算等关键性问题.该论文提出"客运收入取自市场、货运收入和路网收入清算取得,提供服务相互补偿"的清算办法过渡方案,并分别对固定基础部分、旅客列车和货物列车进行了闸述.以设想"网运分离"模式为前提,把客运公司、货运公司和机车公司作为市场主体,论文分别从清算对象、清算项目上作了研究,并得出了"客运按列清算、货运按票清算、基础按线清算,服务足额补偿"的"网运分离"模式下清算办法结论.该论文还阐述了清算办法必然要经历的"三次分离"的观点,这是对中国铁路财务体制改革进程的总体把握.