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本研究在分析已有研究方法的基础上，结合上海水源保护区沟渠纵横，河网密布，作物种植类型较多，轮作模式多样等特点，利用区域尺度多点位成组样本试验、渗漏池试验和径流池试验等方法，通过对采集水样中NO3—N、NH4—N、TN和水溶性TP测试分析，并综合考虑降雨过程、施肥、作物类型、种植模式等影响因子，研究了水源保护区内的农田氮磷运移规律，同时对该区域的农田氮磷流失监测评价方法进行了探讨。本研究表明用区域尺度多点位成组样本的方法，可以了解作物类型、生长季节对氮磷流失影响。此研究方法与径流试验和渗漏试验方法相结合，可以较为准确量化点位条件下的氮磷流失潜力。集约化菜地农田总氮和水溶性总磷流失系数分别为7.32％和0.27％，而大田作物稻麦轮作模式的氮磷流失系数分别为0.442％和0.12％，即集约化菜地的氮磷流失系数是稻麦轮作的15倍和2倍；本研究的另一个试验证明，集约化菜田田面水的TN和水溶性TP的浓度同样高于大田作物。两个试验结论证明集约化菜田的氮磷流失潜力要大于大田作物田块；本研究渗漏试验表明，农田氮渗漏流失系数不超过2％，水溶性总磷流失系数不超过0.3％。试验表明总氮和水溶性总磷流失与降雨季节相关。点位特征试验表明，降雨量相对集中季节总氮和水溶性总磷浓度高于降雨相对分散季节，如田面水水溶性总磷，前个降雨条件导致的流失浓度是后者的2～5倍，河水约为2倍；径流试验也有类似结论，不过不排除施肥量和施肥时期对流失的影响。初步获得了水源保护区农田径流系数和渗漏系数，证明了NO3—N是氮流失的主要形态。试验表明水源保护区单季作物径流系数从10.15～49.39％，西岑、朱家角和马桥三个点位径流系数分别为15.1％、30.6％和22.4％，本研究还表明小麦生长季节径流系数要小于水稻生长季节。塌菜、卷心菜和大麦三季作物的渗漏系数分别为55.1％、54.6％和56.6％，三者差异不大，这也表明水源保护区约有一半以上的降雨通过渗漏途径进入地下水，其携带的氮磷是造成地下水水质变化的重要原因。径流试验中NO3—N占总流失氮量的24～53％，渗漏试验NO3—N占总流失氮量的23～70.5％，两个试验都表明NO3—N流失量在总氮中比例要远高于NH4—N在总氮中的比例。