农业是新疆传统的基础产业，也是弱质、低效、风险大的产业。新疆的农业产业结构一直在不断调整，已经成为建设社会主义新农村和全面建设小康社会的重要内容和重要措施之一。本文以新疆的特殊自然生态环境、社会经济环境为背景，运用目前比较先进的数据包络分析(DEA)综合评价理论和方法，科学分析评价新疆及各地州的农业产业结构情况，提出新疆农业产业结构调整优化的相应对策。　　 研究发现，新疆种植业从粮食为中心逐步向经济作物等多元化转变；新疆农业产值结构总体上变化不大，林业、畜产业比重较小，发展缓慢；农业结构中存在的问题较多，制约因素与新疆区域自然生态与经济社会环境密切相关。通过运用DEA模型评价得知，新疆各地州1996年以来的农业结构调整效益差异较大，但大部分地区的调整结果均是DEA有效的，通过农业结果调整，农业投入要素得到了较好的优化组合。最后在明确了新疆农业结构调整总体思路的基础上，提出了强化市场导向下的政府指导，完善落实有关法规政策；建立和完善农业市场体系，促进区域分工协作；加大农业科技投入，提高农产品品质、层次；加强资金投入，强化工业反哺农业的力度，延长农业产业链；注重发展生态农业，保障绿洲农业可持续发展等对策建议。研究结果对科学认识新疆农业产业结构现状，促进新疆农业产业结构战略性调整有着较为重要的理论与现实意义。