特异性的RNA-蛋白质相互作用在基因表达调控过程中扮演着重要的角色,包括转录的调控,RNA加工和运输,mRNA降解和翻译的调控等。RNA结合蛋白通常都是通过RNA结合结构域来与他们的RNA靶标发生相互作用。主要的RNA结合结构域包括双链RNA结合结构域(dsRBD),RNA识别基序(RRM),锌指(ZnF)以及核不均一核糖核酸蛋白K同源结构域(KH)等。KH结构域最早是在核不均一核糖核酸蛋白K中发现的。KH结构域广泛存在生物三域系统中,也是最丰富的RNA结合结构域之一。KH结构域通常都是以多重拷贝的形式存在于同一个蛋白质中,共同识别RNA靶标。这种串联识别RNA靶标的方式不仅可以提高蛋白质-核酸的结合亲和力,还可以提高识别特异性。KH结构域大约由70个氨基酸残基组成,这些氨基酸残基折叠形成三段α螺旋和一个由三个反平行的β -stra,nd的β -sheet,并且这个β -sheet位于三段α螺旋的相对面。根据拓扑学排列的不同,KH结构域可以分为Ⅰ型和Ⅱ型两类,分别存在于真核生物蛋白质中和原核生物蛋白质中。Ⅰ型和Ⅱ型KH结构域都会形成一个疏水的裂缝,可以容纳4个非配对的核苷酸。根据文献报道知道,包含KH结构域的蛋白质行驶多种多样的细胞功能,并且蛋白质的KH结构域与RNA靶标之间的识别是其发挥调控功能的保证。线虫MEX-3蛋白质包含两个KH结构域,是包含KH结构域的蛋白质家族成员之一。根据文献报道,MEX-3是线虫早期胚胎正常发育和保持生殖细胞全能性所必需的。随后,在人和鼠中也发现了线虫MEX-3的同源蛋白质(MEX-3A, -3B, -3C和-3D)。哺乳动物的MEX-3蛋白质与线虫MEX-3蛋白质一样,都含有两个RNA结合的KH结构域,除此之外,他们的C端还包含一个具有E3泛素蛋白连接酶活性的RING结构域。这四个哺乳动物的MEX-3蛋白质与线虫MEX-3蛋白质一样,参与许多转录后调控。其中,MEX-3C已经被证明了与许多疾病的发生相关,包括高血压,能量代谢,免疫应答和癌症等。虽然许多研究证明了MEX-3C参与许多mRNA的翻译调控,但是MEX-3C是直接地或者间接地结合其RNA靶标并不清楚。在报道的MEX-3C调控的mRNA中,HLA-A2 mRNA是目前唯一被证明了的与MEX-3C直接结合的mRNA。MEX-3C结合HLA-A2 mRNA的3’非编码区,抑制该mRNA的翻译,此外,当RING结构域存在时,MEX-3C的结合还会诱导HLA-A2mRNA发生降解。然而,对于MEX-3C抑制mRNA翻译和诱发mRNA降解的分子机制,以及MEX-3C识别的RNA序列特异性并不清楚,需要进一步研究。在本论文工作中,我们解析了人源MEX-3C KH1-GUUUAG和KH2-CAGAGU两个复合物的晶体结构。基于结构分析,我们构建了一系列蛋白质丙氨酸突变体,通过等温量热滴定实验揭示了稳定RNA-蛋白质相互作用的关键的氨基酸残基。此外,我们还鉴定了MEX-3CKH结构域识别的RNA基序(hMRE),并且证明了HLA-A2 mRNA的3’非编码区中含有该RNA基序。最后,通过荧光偏振实验,我们证明了人源MEX-3C K同源结构域可以高亲和力地结合存在于HLA-A2 mRNA的3’非编码区的 hMRE。