民猪抗寒基因的筛选及生物信息学分析

来源 :东北农业大学 | 被引量 : 4次 | 上传用户:ying8939
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本研究将同窝民猪6头随机分为两组:常温组3头20℃24h饲养;低温组3头4℃24h饲养。分别对两组民猪肌肉组织进行表达谱测序,目的是获得民猪在冷应激反应时差异基因。全文主要结论如下:1)常温组和低温组分别获得5860627条和5664509条高质量标签序列(Clean Tags),占标签序列总量的95.28%和96.89%,约为标签序列种类的37.37%和38.24%。2)筛选出差异表达基因1720个,其中上调表达基因662个,下调表达基因1058个,通过对差异基因筛选结果进一步分析发现了大量免疫相关的基因,如猪白细胞抗原2基因(SLA-2)、白介素10基因(IL-10)等;生长性能相关基因,肌球蛋白重链4基因(MYH4)、抗坏血酸过氧化物酶基因(OSAP)、硫氧还蛋白还原酶1基因(TXNRD1)、上皮生长因子基因(EGF)、3磷酸肌醇依赖性蛋白激酶1基因(PDK-1)、肌酸磷酸激酶2基因(CKMT-2)、围脂滴蛋白2基因(PLIN-2)、半乳糖结合蛋白基因(GBP1)等,机体保护相关基因硝基还原酶基因(NOR-1)、CADD45A等。3)对1720个差异基因进行了GO Ontology分析:在细胞成分本体中得到24个细胞成分条目。在分子功能本体中得到1个分子功能条目,结构分子活性,富集了67个基因。在分子过程本体重获得了7个分子过程条目。4)通过对两组细胞差异表达基因的Pathway分析,获得了4组富集的Pathway(P<0.05),包括Ribosome;Fatty acid metabolism;RNAtransport;Metabolic pathways。并对位于该信号通路的差异基因进行了详述。5)本研究最后对芯片进行了验证,即随机挑选了4个基因分别为AB185319.1、NM214041.1、GU373669.1和XM003122063.2,验证结果与芯片结果趋势接近,充分说明了芯片的可靠性。
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