【摘 要】
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目的:基于GEO数据库分析流感的差异表达基因;通过网络药理学研究连花清瘟颗粒对流感的干预作用,寻找连花清瘟颗粒潜在的关键成分群和关键靶点。方法:1.基于NCBI的GEO数据库,搜索关键词为“influenza,human”的GSE数据集,按照严格的入选标准和排除标准选择合适的数据集,使用NetworkAnalyst在线网站分析和获得流感的差异表达基因(|Log2FC|>1,P<0.05
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目的:基于GEO数据库分析流感的差异表达基因;通过网络药理学研究连花清瘟颗粒对流感的干预作用,寻找连花清瘟颗粒潜在的关键成分群和关键靶点。方法:1.基于NCBI的GEO数据库,搜索关键词为“influenza,human”的GSE数据集,按照严格的入选标准和排除标准选择合适的数据集,使用NetworkAnalyst在线网站分析和获得流感的差异表达基因(|Log2FC|>1,P<0.05)。基于STRING11.0网站作差异基因的GO分析和KEGG分析,阐释差异表达基因所调控的生物学过程;利用Cytoscape3.6.0软件构建差异表达基因的PPI网络,随后对PPI网络进行分析,筛选流感的关键基因。2.搜集连花清瘟颗粒的有效成分,利用FAF-Drugs4平台测评选取类药化合物,利用Pharmmapper在线数据库预测化合物的关键靶点,利用Cytoscape3.6.0构建网络图,分析连花清瘟颗粒治疗流感的关键成分群、关键靶点,以及它干预流感的主要生物学过程和通路。利用Vina1.1.2软件进行关键成分和关键靶点的虚拟筛选分子对接,利用PyMOL1.7软件对关键成分和关键靶点进行可视化分析,明确它们的结合位点和相互作用关系。结果:1.经检索得到符合纳入排除标准的5个人类流感数据集,合并5个数据集后,得到上调基因26个和下调基因71个。2.人类流感差异表达基因的GO和KEGG分析发现,涉及Ⅰ型干扰素信号通路、病毒防御反应、先天免疫反应、细胞因子调节信号通路、病毒基因组复制的负调控、核糖体装配等生物学过程。3.从差异表达基因的蛋白-蛋白相互作用网络分析得到7个关键基因ISG15、IFIT3、IRF7、MX1、IFIT1、OAS2、RSAD2,主要涉及干扰素依赖的天然免疫过程。4.从连花清瘟颗粒中搜集到了 550个满足条件的活性成分,成功预测到433个靶点。5.从连花清瘟颗粒靶向流感的蛋白-蛋白相互作用网络中分析到1 0个关键靶点,ESR2、ESR1、STAT1、EGFR、HSP90AB1、RXRA、PPP1CC、PPARG、EP300、ERBB2,其中STAT1是与流感关键基因联系最紧密的靶点。6.STAT1受到连花清瘟颗粒中的38个化合物调控,分子虚拟筛选提示大黄素甲醚甙是与STAT1结合的关键成分。结论:1.本研究通过对流感的基因表达特征分析确认其与干扰素信号通路相关的7个关键靶基因。2.连花清瘟颗粒的关键成分为槲皮素、山奈酚、芹菜素,关键靶点为EGFR、HSP90、STAT1。3.连花清温颗粒中的大黄素甲醚甙可能通过调节关键靶点STAT1蛋白作用于Ⅰ型干扰素信号通路干预流感。
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