军事与外交是维护和增进国家利益的主要手段，军事机构在决策中具有至关重要的作用。在战后初期美国远东政策的制订过程中，美国军方提出了自己的主张，并对政策最终形成与演变产生了重要影响。第二次世界大战结束后，世界格局发生重大变化，美国政府开始考虑推行新的远东政策。军方将中国视为“远东之锚”，主张更积极地援助蒋介石统一中国；随着形势的“恶化”，甚至提出卷入中国内战的建议。军方还力图占有和保留在西太平洋的军事基地，并保持美国在日本的“支配声音”。1947年初，美国在国共间调停的政策宣告失败，美国政府开始重新审视远东政策。军方把中国国民政府作为对付苏联和共产主义“扩张”的“自由堡垒”，而将日本作为促进亚洲复兴的“生产工场”，因而主张积极扶蒋反共、促进日本复兴，同时从战略角度出发建议撤退驻朝部队。1948年秋，国民党军队在解放军的决战攻势下节节败退，中国局势日益“恶化”，美国政府再次因讨论改变对华政策而引发对整个远东政策的调整。军方强烈反对从中国“脱身”，主张予以进一步援助帮其拖延一段时间。但同时也考虑将远东政策的重心转到日本，并且赋予台湾以重要战略意义，建议以经济和外交手段“守住”台湾。1949年秋，新中国成立，不久国民党退守台湾。在“丢失”中国的形势下，美国又一次被推到远东政策的十字路口。军方将日本视为美国远东战略的支柱，开始重估台湾的战略重要性，同时注意到了东南亚在遏制“中苏集团”中的作用。国务院等其他机构对军方的主张并不完全赞同，但军方的意见对政策的形成与演变仍产生了重要影响。军方主要是从军事角度提出建议的，由于军事因素关乎国家安全，因而军方的主张不容忽视，有时甚至起决定作用。但军事考虑毕竟是片面的，往往需要服从政治考虑，而且还要总统定夺，所以军方的影响也是有限的。