随着我国改革开放及社会形态变革,原有的政府一元化社会治理形态被打破,“全能政府”失效,市场和社会的力量逐渐发展起来,社会治理逐渐向国家、市场、社会三元共同治理转变。但是由于我国改革是在社会稳定的前提下缓步进行的,必然不能完全满足人民需求。在此过程中出现的矛盾和冲突就汇聚在了社会治理基本单元社区。我国社区治理的动力来源于两个主体,一是依靠政府主导、推动;二是依赖社区自身力量。社区力量主要来源于社区自治组织,如果政府与社区自治组织二者能够相互协调、补充,就能实现社会治理更优。然而,在我国社区建设的具体实践中,基层政府与社区自治组织关系出现角色关系、职责关系、权力关系问题,关系异化造成二者的冲突,影响了社区建设和发展进程。探讨政府与社区自治组织关系异化以及产生这些异化的原因,有助于突破现有关系,促进关系和谐,形成正向外部性效应,从而为社区治理打下坚实的基础。通过对我国城市基层政府与社区自治组织关系的历史演进、国内外的基层政府与社区自治组织关系的典型与社区治理应用于二者关系的文献进行研究与梳理,经过对三个关系异化及回归策略的逻辑论证,本文得出以下结论:基层政府与社区自治组织关系普遍存在角色关系异化现象,表现为角色关系的错位,由规制-推动关系异化为决策-执行关系,由资源供给-整合关系异化为绝大部分甚至全部单方面供给关系,由主导-主力关系异化为主力-协助的关系。基层政府与社区自治组织关系存在职责关系异化现象,表现为社会责任和法律职责关系的错乱,由原本的基层政府与社区自治组织对社区居民共同负责的关系异化为社区自治组织向基层政府负责,而原本应由基层政府承担的职责则转嫁到社区自治组织头上。基层政府与社区自治组织关系存在权力关系异化现象,变现为人、财、事权力关系扭曲,公共权力的不断扩张和社区自治权的逐渐压缩。同时,根据对基层政府和社区自治组织关系的表现、实质以及原因分析,分别从角色、责任和权力三个方面入手,提出了回归二者理想关系的建议。