国有土地上房屋征收补偿协议是一种常见的行政协议,该协议的效力直接影响着被征收人利益的取得。由于我国城市社会面临诸多秩序重构任务与房地产价值不断呈阶梯式增长的客观现状,实践中极易引发因房屋征收补偿协议产生的纠纷。因此,实践中被征收人上诉至人民法院寻求权利救济的现象较为普遍。基于行政协议本身行政性与合意性兼备的双重属性,结合房屋征收过程性与多阶段性的特点以及被征收人与征收部门普遍对补偿数额无法达成一致的现实状况,人民法院审理此类案件的难度大、矛盾多,在司法审查中存在诸多问题。因此,本文通过一起典型案例,对案例中房屋征收补偿协议司法审查存在的问题进行分析,并提出相关的思路。首先,针对房屋征收补偿协议的效力问题,提出了审查时需厘清协议合法性与效力性区别的观点。在法律适用方面,应优先适用行政诉讼法,同时可适用民事诉讼法律规范。如果行政协议属于应当经过其他机关批准后生效的,在一审法庭辩论终结前获得批准,人民法院可以认定协议有效。其次,针对房屋征收补偿协议中的补偿标准问题,提出人民法院应注重对补偿标准进行审查的看法。在被征收房屋价值补偿的司法审查中,提出了人民法院对“城中村”房屋征收补偿标准的审理时可采用就高不就低的原则。在停产停业损失补偿的司法审查中,对房屋性质是住宅,但实际用于经营的房屋提出了适当补偿的观点。最后,针对人民法院实质性解决行政争议难的问题,提出人民法院要发挥调解在此类案件中的作用,通过调解实质性解决双方争议的观点。并提出诉前调解的可能性,主张多元化解决行政争议。