在小鼠胚胎的早期发育过程中，原肠运动时期是非常关键的生物学过程，通过原肠运动，胚胎细胞谱系发生特化，并由单一胚层结构形成三个胚层的结构，为之后的个体发育奠定基础，因此研究小鼠胚胎原肠运动过程具有重要的生物学意义。但由于原肠运动时期的小鼠胚胎较小，且发育速度很快，目前一直缺乏对原肠运动时期胚胎细胞发育命运决定的具体分子机制的相关研究。结合激光显微切割技术(LMD)、基于单细胞策略的小量细胞转录组扩增技术以及高分辨率测序，构建了Geo-seq技术;并且利用Geo-seq技术对小鼠原肠运动中期E7.0天单一胚胎的上胚层（epiblast）部分进行了具有位置信息的转录组测序分析，并在另外两个胚胎中进行了重复验证，得到了原肠运动中期小鼠胚胎上胚层三维空间转录组图谱，该图谱约包含20000个基因。因为包含有具体的位置信息，所以该转录图谱可以构建出全转录组的数码整体原位杂交图谱d-WISH(Digital Whole-mount In Situ Hybridization)，并通过三维热图或玉米图(corn plot)直观显示。通过对三维转录图谱的分析，可以根据基因表达的位置信息将原肠运动中期小鼠胚胎分成四个不同的位置区域，分别为前端、后端、侧面远端和侧面近端;同时也找到了(i)不同位置区域特异性表达的基因;(ii)表达模式相似的基因;(iii)可以代表细胞命运决定的转录因子和信号通路基因;(iv)可以用于找出原肠运动中期胚胎的单个细胞所属位置的zip-code基因。同时，这项研究的结果也可以为胚胎来源的干细胞提供来源的可能位置信息，并对其发育命运做出预测。