自20世纪90年代以来，随着经济与信息技术的迅速发展，企业的市场环境和经营特征发生了根本性的变化。作为一种新的组织与管理方式，虚拟企业倍受人们的关注，有关虚拟企业的理论研究也正成为管理科学中的一个研究前沿和热点。虚拟企业是由一些相互独立的企业通过信息技术连接的、暂时性的企业网络，以共享技能，共同分担成本，并开发新的市场。对参与虚拟企业的伙伴来说，取得一定的经济收益，是其根本目的，因此从敏捷虚拟企业建立开始就不可避免的面临着收益分配的问题。由于收益分配直接影响着虚拟企业运行效率，如何合理设计虚拟企业间的利益分配就成为了虚拟企业实际运作过程中必须要解决的问题。 常用的虚拟企业收益分配方法都以虚拟企业的单一过程为前提，着重于直接分析出虚拟企业的最终收益分配方案，而没有考虑到时间因素在整个虚拟企业运营过程中的影响，忽略了各影响因素的动态性。针对这种问题，本文在虚拟企业收益分配过程中引入了时间因素，分阶段对虚拟企业进行评价，并引入激励机制，将各成员企业的最终收益与其在整个过程中的表现结合起来，以使分配方案得到进一步优化。对最终的收益分配方案的优劣从满意度以及净收益两个方面来进行衡量，并以总体满意度和总体净收益为目标函数，建立了多目标优化模型，采用遗传算法进行优化分析。算例得到的结果表明该方法是有效的。