华癸中慢生根瘤菌7653R sRNA的预测与初步鉴定

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随着生物技术的发展,人们对sRNA (small RNA)的研究逐渐深入,在植物、动物和微生物中报道的sRNA越来越多,并且建立了sRNA数据库,为sRNA的生物信息分析提供了大量资料。生物信息学分析成为预测sRNA的重要手段并被广泛采用,较为成熟的sRNA预测方法是QRNA法和deepBase法。结合Northern杂交和生物芯片等实验手段,可以进一步验证预测sRNA的真实性。 本文通过QRNA预测方法,对华癸中慢生根瘤菌7653R基因组中的非编码区进行了预测,筛选获得9个候选sRNA,分别是SraG RNA、CsrBRNA、SraC RNA、 MicFRNA、RsmYRNA、HgcC RNA、RtTRNA、ISO61RNA、Qrr RNA。在查阅文献基础上对9个sRNA的可能功能、上下游结构基因的信息和作用方式进行了归纳和整理。 为了进一步获得实验证据阐明9个预测的sRNA的真实性,我们通过RT-PCR证实了9个sRNA在自生培养的7653R总RNA中存在相应的转录产物,并利用Northern杂交和荧光定量RT-PCR初步查明其参与调控的生理过程。结果显示:经共生、厌氧培养和H2O2、4MNaCl、酸碱、温度等不同胁迫条件处理时,9个sRNA在7653R中均受不同胁迫条件的诱导表达,且在不同胁迫条件下表达量不同,特别是根瘤中表达量最高的是SraG RNA、HgcC RNA和RtT RNA;37℃处理时表达量最高的是CsrB RNA;10℃处理时表达量最高的是SraC RNA和ISO61RNA;H2O2处理时表达量最高的是MicF RNA、RsmYRNA和Qrr RNA. 结合靶位点预测和文献分析,推测认为RtT RNA、Qrr RNA、MicF RNA可能直接调控根瘤菌共生固氮,SraG RNA、RsmYRNA、HgcC RNA可能间接发挥作用。
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