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为了弄清2006年在我国南方一些猪场爆发的一种以高热、高发病率和高死亡率为特征的传染病的病因，本研究中我们选取了8份发病猪的临床样品，利用猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）的ORF7和ORF5基因的特异性引物进行了PRRSV的检测，结果显示8份样品中有7份呈现PRRSV阳性，利用Marc-145细胞对7份组织样品进行病毒的分离，结果发现分离获得的病毒细胞适应能力强，病变的细胞主要表现为聚集呈丛状，对分离的病毒进行RT-PCR鉴定、外源病毒排查以及间接免疫荧光试验等证实我们分离获得的毒株为PRRSV毒株，命名为HUN4株。对HUN4株进行了全长基因序列测定结果显示基因组全长15352bp，其中HUN4株的NSP2蛋白与经典毒株CH-1a株和VR-2332等相比在第482位和533-561位氨基酸发生30个氨基酸的缺失，属于新的变异的PRRSV毒株。对HUN4株进行人工感染试验，结果表明试验猪发病率和死亡率均高达100%，感染猪的临床症状和现地所见十分相似，在感染后第7天就可检测到高水平的血清抗体，组织病理变化较以往毒株严重，致死能力强；表明2006年以来在我国流行的PRRSV具有明显的毒力增强现象，这种高致病性PRRSV可能是引起猪“高热综合征”的主要病因。在以上研究的基础上，我们利用ORF5基因和NSP2部分基因的特异性引物对2006年~2008年来自全国16个省市的339份患病猪组织样品进行分子流行病学监测，并对其中部分样品的GP5和NSP2基因进行了序列分析。结果表明，被检样品的阳性率达43.1%；对64份阳性样品的序列分析结果表明有56株为高致病性PRRSV变异毒株，即NSP2蛋白在482aa和533-561aa出现两处不连续的缺失；其余8株未发生此种缺失。对GP5蛋白氨基酸序列分析结果显示N-糖链数量增多、位置改变，主要中和表位存在氨基酸变异（L39→I39），在13位和151位与毒力相关的位点保持了强毒株的氨基酸特性（R13、R151）。绘制系统发生进化树结果显示国内分离株主要分为4个亚群，其中所有高致病性PRRSV毒株高度同源，均位于亚群I，8株非变异株主要分布在亚群II中，变异株所处的亚群I与经典分离株、疫苗株所处的其它亚群之间的同源性较低，其亲缘关系由近及远依次为亚群II、亚群III、亚群IV。为了有效地鉴别高致病性PRRSV株与经典PRRSV株，参考GenBank发表的经典PRRSV株及本实验室分离鉴定的高致病性PRRSV HUN4株的NSP2基因序列，在NSP2基因缺失区的两端保守区设计并合成了一对引物，扩增高致病性PRRSV时可获得230bp的片段，而扩增经典型PRRSV时可获得320bp的片段，通过RT-PCR扩增片段长度可将二者区分开来，特异性试验表明本试验设计的引物可扩增出PRRSV目的片段，而不能扩增PCV2、PRV和CSFV基因组片段；将毒价为105.0TCID50/ml的HUN4株进行10倍倍比稀释，直到1TCID50，用RT-PCR检测结果表明对PRRSV最小检出量为10TCID50；选取56份已知的临床样品和5份人工感染试验样品进行3次重复性试验，3次检测结果均与此前检测的结果完全符合，表明该方法具有可重复性且与其他方法的符合率很高；该方法对上述样品的鉴别诊断的结果，得到此前测序结果的验证，表明该方法可以达到鉴别诊断的目的。本研究建立的RT-PCR方法具有简便、特异、敏感、可重复等特点，能够鉴别高致病性PRRSV与经典PRRSV，为今后PRRSV的流行病学研究提供了重要的技术手段。