儿童呼吸道合胞病毒流行特征及序列分析

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背景:  急性呼吸道感染(acute respiratory tract infection,ARTI)是人类最常见的传染性疾病之一,发病率高,也是儿童发病和死亡的重要原因。呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus,RSV)是引起世界范围内婴幼儿下呼吸道感染的重要病原体。  目的:  了解广州地区2011年至2013年急性呼吸道感染患儿中呼吸道合胞病毒的流行病学特征,分析呼吸道合胞病毒的阳性率与季节气候因素的关系。通过对呼吸道合胞病毒基因特征分析,了解该病毒的起源、进化和流行株等信息,为临床预防与诊断提供参考依据。  方法:  1.2011年1月至2013年12月,在广州市妇女儿童医疗中心采集因急性呼吸道感染就诊的14岁以下患儿咽拭子样本27116例,用荧光RT-PCR法检测RSV。  2.每年随机选取10例(共30例)RSV阳性样本,扩增其G基因。  3.从30例RSV阳性样本中随机选取3例扩增RSV基因组全长。  4.将获得的RSV G基因及RSV全基因组阳性扩增产物进行序列测定,采用ClustalW2.1、MEGA5.2、DNASTAR Lasergege7、MegAlign、NetOGlyc4.0和NetNGlyc1.0等软件对序列进行氨基酸序列比对、同源性分析、遗传进化分析和糖基化位点分析。  结果:  1.27116例急性呼吸道感染患儿咽拭子标本中,RSV总检出率为16.30%(4421/27116)。2011年至2013年阳性率分别为24.43%(2493/10205)、16.80%(1391/8281)和6.22%(537/8630)。男女比例2.33:1。  2.2011年RSV的总体感染率较高,流行高峰为1~4月和7~9月;2012年的流行高峰为1~4月;2013年RSV的总体感染率较低,流行高峰在1月。  3.RSV患儿在急性呼吸道感染病例中的年龄分布情况,0~6个月、6个月~1岁、1~2岁、2~5岁及5~14岁年龄段RSV检出率分别为22.00%(2335/10614),19.63%(1030/5248),14.89%(629/4223),8.08%(391/4842)和1.64%(36/2189)。  4.RSV测序的30例中,23株A亚型之间G基因核苷酸同源性为89.6%~100%,氨基酸同源性为95.3%~100%;其中21株属于NA1型,2株属于ON1型。7株B亚型之间G基因核苷酸同源性为98.6%~99.7%,氨基酸同源性为97.7%~100%,均属于BA9型。  5.27株RSV G基因的登陆号是:KM586819~KM586845。  6.3株RSV全基因组的登陆号是:KM517572,KM578843和KM517573;其全长分别是15204 bp、15205 bp和15276 bp。  7.G基因第二高变区的潜在N-糖基化位点:A亚型存在4个位点(237、251、273和294位),B亚型存在2个位点(294和308位)。  8.G基因第二高变区的潜在O-糖基化位点:NA1型有32~35个,ON1型有43个;BA9型有42~45个。  结论:  2011年至2013年呼吸道合胞病毒仍然是引起广州地区儿童急性呼吸道感染的重要病原体,流行季节以冬春季和夏季为主。2岁以下儿童是呼吸道合胞病毒感染的主要对象。随着儿童年龄的增长,呼吸道合胞病毒感染率呈下降趋势。男孩比女孩更为易感。NA1型和BA9型分别是A、B亚型的优势基因型,同时也有ON1型流行。
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