金佛山方竹（Chimonobambusa utilis）属于竹亚科寒竹属，为我国西南地区特有的重要笋用竹种，其遗传资源仍然是未知的，对其制定科学的采样策略是研究其群体遗传学的基础。本研究利用13个ISSR分子标记，对金佛山方竹两个代表性居群的遗传多样性、遗传距离、克隆尺度、及其空间分布格局进行初步探讨，进而制定出合理的采样策略，为金佛山方竹遗传资源的收集、保护和利用，以及近缘种属的群体遗传学的研究提供重要的理论支撑。主要研究结论如下：　　（1）金佛山方竹的遗传多样性较低，遗传变异主要存在于居群内。13个ISSR引物共扩出多态性条带16条，多态位点百分率为13.33%，shannon指数为0.0391；基因分化系数Gst为0.0915，群体间存在一定的基因流（Nm=4.9657），这可能与其在历史上有过大面积开花和当地居民有意识人为实生苗补充有关。　　（2）金佛山方竹克隆多样性水平较高，狮溪居群和黄莲居群均为多克隆构型，分别鉴定出15和22个基因型，基因型间的Neis遗传相似系数在0.9和0.9917之间变化，遗传距离在0.0084到0.1054之间；在物种水平上，金佛山方竹的平均克隆尺度Nc为5.33，基因型比率PD为0.23，Simpson多样性指数D为0.96， Fager均匀性指数E为0.94。金佛山方竹克隆构型为游击型，最远延伸距离为141.42m，两个居群各克隆分株呈链状交错分布，与其为复轴混生型小径竹密切相关。　　（3）金佛山方竹个体间合理的采样距离为45m。经空间自相关分析，在小尺度范围内，黄连居群和狮溪居群均存在聚集格局，其不规则克隆的平均大小分别为41.024m和56.475m。在物种水平上，X轴的截距为44.728m，表示金佛山方竹在物种水平上的不规则克隆的平均大小约等于45m。　　（4）当取样数量在20-30个之间时，抽样群体的多态性位点百分率（PPB）、期望杂合度（He）、Shannon 指数（I）能包含总体 95%以上的遗传变异。由于金佛山方竹为兼性克隆植物，为尽可能的包含丰富的遗传变异，建议将金佛山方竹群体遗传学的合理样本量定为30个。