微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)近年来发展起来的一种新的DNA分子标记,因其具有保守性、高多态性、共显性等特点,是毛竹(Phylbstachys pubescens)基因组研究不可或缺的一种重要工具。磁珠富集法是一种快速、高效分离微卫星分子标记的方法。本研究在参考其它文献报道的基础上,通过优化亲和素磁珠技术构建毛竹基因组SSR位点富集文库。在文库构建过程中,用EcoRⅠ分别和DraⅠ、EcoRⅤ、SmaⅠ、PvuⅡ四种平端限制性内切酶对毛竹基因组DNA进行双酶切,酶切片段回收后与根据抑制性PCR原理设计的接头连接。在利用亲和素磁珠富集含有SSR序列的DNA片段过程中,对杂交、漂洗及洗脱步骤进行优化。回收产物经PCR扩增及转化后,得到约2000个克隆。通过三引物特异PCR筛选,得到约300个含有SSR位点的阳性克隆,文库的阳性克隆率为19%左右,依据阳性克隆率并结合测序结果对富集SSR文库进行评价,确定了一条简单、经济、高效分离竹类植物SSR标记的方法。对其中150个阳性克隆进行测序并分析,AG重复占到96.3%,AC重复占到4.7%。将其中62个SSR重复次数大于8次,并且位置居中的序列提交到GenBank并将其进行归类。其中复合型的微卫星共9个占16.3%,完美型的35个占56.3%,非完美型的27个占43.7%。SSR重复数在10次以下的为11个,重复10-20次的为37个,重复20次以上的为14个。根据序列设计SSR特异扩增引物,并以刚竹属(Phyllostachys)、唐竹属(Sinobambusa)、刺竹属(Bambusa)、青篱竹属(Pseudosasa)的8个竹种DNA为模板,通过PCR检测筛选出11对多态性较好的引物,为进一步开发毛竹SSR引物及对竹类植物生物多样性研究奠定了基础。