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本研究是以植物根系周围土壤中产IAA的自生固氮菌为研究对象，目的在分离筛选得到高产IAA的固氮菌株，研究结果可以应用于农业生产领域，可以减少化学肥料施用，减少水体富营养化，促进植物生长，保护生态环境。从采集自上海奉贤区海湾地区不同生态环境中土壤样品中分离筛选得到自生固氮菌13株，纯化后摇瓶培养测定其发酵液中IAA含量，其中的BY-3菌株的IAA产量达到了52.58mg/L。BY-3菌革兰氏染色呈阴性，BY-3菌落在Ashby甘露醇培养基呈淡乳黄色，巨大菌落，刚形成的菌落表面光滑，而后变成折叠，有皱纹或皱褶的表面。经测序其16srDNA长度为1436bp，鉴定为Beijerinckia indica。单因素实验优化结果表明，BY-3菌在摇床转速250r/min，培养温度30℃，接种细胞密度OD6000.40，pH5.0、添加微量钼铁盐时最宜生长，同时IAA合成产量也最高。通过采用不同的样品处理方法、不同的提取剂和不同的流动相体系，组合优化提取条件和色谱条件，进一步提高IAA含量测定方法的准确性，得出IAA的HPLC检测方法具有操作简便、精密度高、回收率好等优点。其色谱条件为，色谱柱是安捷伦ZORBAX Eclipse XDB-C18柱（250mm*4.6mm）；流动相是乙腈-2%醋酸水溶液（体积比1:4）；流速为1.0ml/min；紫外波长是280nm；柱温是30℃；进样量为10ul；提取剂选择的是乙酸乙酯。在IAA标样图谱中IAA的出峰时间为5.803min，在BY-3菌株发酵液图谱中IAA的出峰时间为5.796min。通过HPLC法分析BY-3菌株发酵液中的除了IAA以外，是否存在IAA生物合成代谢过程中以吲哚丙酮酸、吲哚乙酰胺、吲哚乙醛、色胺、吲哚乙醇、吲哚乙腈为代表的中间产物，结果表明BY-3菌株发酵液中存在吲哚乙醇，说明BY-3菌株生物合成IAA的途径是吲哚丙酮酸代谢途径或是色氨酸侧链代谢途径，再或是两者一同存在，因为这两个途径中都会有中间产物吲哚乙醛的存在。