虽然招标投标程序中对于“黑白合同”问题在国内己有较多的研究与探讨,但是对于招标投标程序中出现的中标合同与招标投标文件不一致时,其效力如何认定问题的研究尚少。依据《招标投标法》第46条及《招标投标法实施条例》第57条所规定的有限内容,尚不能完全解决司法实践中实质性背离所引起的法律适用差异问题。对于实质性背离内容具体认定、背离法律后果及有无例外情形等,尚无定论,对此进行研究有相当的理论价值和实践意义。基于此,本文以实证研究的方法,在检索了大量有关裁判文书的基础上,发现其中存在的诸多现实问题,通过分析实质性背离问题出现的原因,并针对性提出建设性意见。除了引言外,本文分为五个部分。第一部分,在调查研究出实质性背离法律规定适用差异现状的基础上分析原因。首先,通过在中国裁判文书网中对近五年的大量的相关裁判文书检索,综观《招标投标法》第46条在司法实践中的具体适用情况。同时针对本文主要研究方向,筛选出具有代表性的十二份判决书做本文研究素材,对判决内容进行总结提炼,对比分析出招投标法中实质性背离在适用结果上的主要几种差异;其次,在理论和实践中进行综合分析后,寻找出导致适用差异出现在法律制定层面和法律适用层面的原因。第二部分,判断实质性背离是否有效的基础是确认《招标投标法》第46条是否为效力性强制性规定。本部分将在分析效力性强制性规定的概念及辨别方法的基础上,具体分析《招标投标法》第46条是效力性强制性规定。第三部分,结合第一部分调查研究发现的实质性背离问题在适用上的具体差异情形,从违反《招标投标法》第46条效力认定的角度,具体分析出两个方面,一方面是违反《招标投标法》第46条无效的两种现实差异情形,即备案合同/中标合同实质性背离、非必须招投标项目招投标后实质性背离:另一方面是违反《招标投标法》第46条无效的例外情形,即情势变更下的实质性背离。第四部分,针对现有的《招标投标法》第46条及《招标投标法实施条例》第57条所规定的内容,并结合《合同法》第30条对应相关规定,具体分析招标人和中标人在中标后签订书面合同时条款中具体什么内容变更时构成实质性背离。第五部分,在前面四部分的分析基础之上返回实践,尝试针对性地提出法律制定层面和法律适用层面的解决方案及建议,以期对本文所研究的实质性背离法律适用差异问题起到一定程度上的较少。