中国农村家庭承包经营制度的确立，为微观经济主体提供了有效的激励机制，与此同时，也将农户推到市场的前沿，独立面对各种可能的风险。但是，单个的农户是弱小的，既不能有效应对市场风险，满足消费者需求，也不能应付由于非对称的市场力量而带来的利益损失。在此背景下，农民专业合作社作为一种将农民组织起来进入市场的制度安排，被看作促进农业发展、提高农民收入水平、促进城乡和谐发展的有效手段之一。 本文的核心就是利用新制度经济学的相关理论对上述问题进行解答。对所有问题的回答均基于合作社理论的一般，并充分考虑我国农户生产规模小、存在普遍兼业现象以及农户间的异质性强等特征的影响。根据现代企业理论研究的逻辑顺序以及我国农民专业合作社发展的实践，本文共包括八章内容。 第1章导论，包括本文的研究背景和选题依据、研究目标、研究思路和全文的逻辑框架、主要内容、研究方法等，本章还廓清了对农民专业合作社概念的一些混淆的观点，并界定本文的研究对象； 第2章是国内外合作社理论研究文献综述，介绍国内外合作社理论研究已经取得的成果及最新进展。除此之外，基本上每一章均针对合作社制度安排的某一侧面进行讨论，最终希望对我国农民专业合作社的制度安排有一个较为全面的把握。 第3章“农业合作社的性质与我国农民专业合作社的成长空间”，主要利用交易费用理论和集体行动的逻辑理论讨论农业合作社与投资者所有企业的边界，以及在我国农业发展环境下农民专业合作社产生的可能性。 第4章“农业合作社状态依存的所有权结构：理论模型与国际农业合作社所有权结构变迁”。 第5章“我国农民专业合作社的所有权结构：浙江省的实证”。 第6章“农业合作社的界定产权及我国的实践”。产权的界定不仅带来收益，还要付出成本。在博弈的视角下观察产权的界定，已有的产权安排可以被理解为在既定的内外部约束条件下，各参与方充分比较产权界定的成本和收益以后的均衡解。当约束条件发生变化、进一步界定产权成为必要时，合作社就会不断地采取措施明晰产权。 第7章“农业合作社的委托代理关系：合作社的一般与中国的实践”。由于合作社与投资者所有企业内部制度安排和外部约束条件不同，导致其解决代理问题的方式也不同。 第8章“政府扶持与农业合作社发展：理论依据、手段、效率及中国的实践”。作为全文制度经济分析的一个延伸，本章总结各国扶持农业合作社的做法，归纳政府扶持合作社的理论依据，介绍经济学家对政府扶持政策的质疑。