目的：观察重症手足口病患儿肠道菌群和肠道黏膜屏障通透性变化，探索重症手足口病的发病机制。方法：选取深圳市儿童医院2012年4-8月和2013年5-7月30例住院重症手足口病患儿疾病初期和恢复期（研究组）和同期体检的32例健康儿童（对照组）的粪便标本，采用荧光定量PCR技术检测粪便中双歧杆菌和大肠杆菌的含量；分别采集30例健康儿童（对照组）和30例初期患儿的静脉血标本，采用改良基质偶氮显色法检测血液中内毒素、改良邻联茴香胺试剂法检测血液中二胺氧化酶，酶学分光光度计检测血液中D-乳酸水平。采用SPSS17.0软件进行统计学分析。结果：重症手足口病患儿粪便中双歧杆菌含量（CFU/g）在疾病初期低于恢复期(8.80±0.61vs9.27±0.97，P﹤0.05)且差别有统计学意义,但均和正常对照组儿童差别无统计学意义（初期：8.80±0.61vs9.28±0.89，P>0.05；恢复期：9.27±0.97vs9.28±0.89，P>0.05）；而大肠杆菌水平在初期和恢复期无明显差别(9.21±0.82vs9.03±0.81，P>0.05)，但均明显高于正常儿童（初期：9.21±0.82vs7.88±1.32，P<0.05；恢复期：9.03±0.81vs7.88±1.32，P<0.05），且差别具有统计学意义；疾病初期B/E(双歧杆菌/大肠杆菌）比值和恢复期(0.970.12vs1.03±0.20，P>0.05)无明显差别，但初期和恢复期B/E的比值均低于正常对照组儿童（初期：0.970.12vs1.22±0.26，P <0.05；恢复期：1.03±0.20vs1.22±0.26，P<0.05），且差别具有统计学意义。重症手足口病患儿初期血液中内毒素(0.50±0.31vs0.45±0.17，P>0.05)、二胺氧化酶(0.05±0.04vs0.05±0.03，P>0.05)和D-乳酸（5.58±7.83vs3.66±8.05，P>0.05）的水平与正常对照组儿童比较均无明显差异。结论：重症手足口病患儿肠道菌群组成存在变化，疾病初期双歧杆菌含量减少，而大肠杆菌含量增高；疾病初期和恢复期的B/E(双歧杆菌/大肠杆菌）比值均低于对照组儿童。重症手足口病儿童与正常儿童对比肠黏膜屏障通透性未出现明显的变化。