新疆是我国面积最大的省区，位于西北边陲，有着特殊的地理位置和特有的气候特征，藻类资源非常丰富，然而藻类区系分类研究却很薄弱。硅藻是一类种类多，数量大，分布极为广泛的真核藻类，在水生生态系统、生物环境监测中都具有重要作用，而且是国际上区系分类研究活跃的植物类群。 2001年7月至8月期间，王全喜教授及学生在新疆3个地区(阿勒泰地区、喀什地区、阿克苏地区)4个自治州(伊犁哈萨克自治州、博尔塔拉蒙古自治州、昌吉回族自治州、巴音郭楞蒙古自治州)1市(乌鲁木齐市)的17个采样地采集了144号标本。本研究利用光镜对其中的硅藻门植物进行了观察和鉴定，共鉴定硅藻种类429个分类单位，包括296种127变种6变型，隶属于2纲7目11科43属，其中有中国新记录70种19变种1变型，共90个分类单位，新疆新记录114种65变种4变型，共183分类单位。所有种类都附有数码照片。 在中心纲里发现1目：圆筛藻目，共13个分类单位，包括3属11种1变种1变型。其中有中国新纪录1种，新疆新记录1种1变型。 在羽纹纲里发现6目：无壳缝目、拟壳缝目、双壳缝目、两形壳缝目、单壳缝目和管壳缝目，共416个分类单位，包括40属285种126变种5变型。其中有中国新纪录69种19变种1变型，共89个分类单位，新疆新记录113种64变种4变型，共181分类单位。 同时，对新疆硅藻的区系特征、硅藻种类分布与地理区划和生活环境之间的关系进行了初步分析和探讨：1．大部分种类为淡水普生性种类；其次是微、半咸水种类；出现了一些典型性高山冷水性种类。2．对淡水藻类来说，其分布受区域气候、地理位置等的影响并不显著，而所处小生境，对其种类组成却有着很大的影响。该地区小生态环境多种多样，在沼泽、沟渠及临时性水体中的种类多，数量也多，在河流、湖泊、溪流等水体中的种类和数量都很少。 本论文将对新疆地区硅藻区系分类进行初步研究，为我国硅藻资源的调查提供重要的基础资料。