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目的：探索三阶段DEA模型的原理与应用,并利用三阶段DEA模型与Malmquist生产率指数模型对A省与B省104家县医院在2008-2011年的效率进行系统分析。方法：收集2008年至2011年A省和B省104家县医院的在职职工、实有床位、固定资产、门急诊人次、出院人次、住院手术人次、总支出和总收入等方面的数据,利用结果方程模型构建县医院效率评价指标体系,采用三阶段DEA模型和Malmquist生产率指数模型分别从横向与纵向两个角度对样本县医院的效率进行分析与评价。结果：1.第一阶段DEA模型结果显示,样本县医院技术效率的均值为0.725,纯技术效率的均值为0.785,规模效率的均值为0.911。2.经过第二阶段SFA模型对环境变量(GDP和常住人口)和随机误差的调整,第三阶段DEA模型结果显示,样本县医院技术效率的均值为0.723,纯技术效率的均值为0.785,规模效率的均值为0.908。与第一阶段相比,纯技术效率没有发生变化,技术效率和规模效率均有所下降。配对t检验结果显示,第一阶段和第三阶段DEA模型的技术效率值与规模效率值之间的差异均具有统计学意义(P<0.001)。3.Malmquist生产率指数模型结果显示,2008年至2011年期间样本县医院的技术效率年平均降低了1.43%,技术水平年平均增长了7.27%,纯技术效率年平均降低了0.92%,规模效率年平均降低了0.54%,全要素生产率年平均增长了5.70%。结论：1.三阶段DEA模型优于传统的DEA模型,利用三阶段DEA模型计算的效率值更为合理、科学。2.2008-2011年,样本县医院技术效率处于0.67-0.79之间,未达到有效状态,其主要是受到纯技术效率的影响,说明县医院内部管理水平低下。3.基于省份的分组,A省样本县医院的技术效率大于B省样本县医院的技术效率；而基于500张床位的分组,床位多的样本县医院规模效率大于床位少的样本县医院的规模效率。4.2008-2011年间,样本县医院的生产率与技术水平呈上升趋势,而技术效率呈下降趋势,生产率变动主要是由于技术变动引起的,说明样本县医院的技术水平得到了改善。建议：1.三阶段DEA模型是一种比较客观、系统的评价方法,可以推广。2.提高纯技术效率,促进县医院技术效率的改善。3.在保证效率的前提下,适当扩大县医院的规模。4.改善技术状况,促进县医院生产率的发展。