伴随着科技的进步，经济的发展，创新产品的推出逐渐成为国与国之间竞争的重要指标，而创新的产生离不开知识的进步，也就是知识产权的发展与提升，也正因为如此,国家间的竞争也就逐渐转变成为了知识产权的竞争，但是由于知识产品的两大特点既无形性和可复制性，因而使得每年就知识产权侵权案件的发生在全世界就高达上万起,其直接造成的经济损失就达上万亿人民币，仅知识产权侵权货物量就占国际贸易总量的10%—20%之间，因此目前各个国家都开始重视在国际贸易中对知识产权的保护，海关作为国际贸易货物进出境的监督与管理的机关，其有能力也有相应的措施对进出口货物实施有效的监管，理应在防止和制止侵权货物进出境方面发挥重要作用，但是令人遗憾的是，由于我国的知识产权权利人维权意识的淡薄，相关企业对知识产权保护制度的缺乏了解等因素，我国知识产权的保护现状不容乐观。我国在加入世贸组织之后更要切实遵守TRIPS协议所规定的义务并履行知识产权海关保护的职责，因此建立和完善我国知识产权海关保护制度成为我国海关面临的一大重要课题。本文引用了发生在当下的两个著名的知识产权侵权案例出发从研究知识产权海关保护制度的缺陷入手，从两个案例中找出目前我国海关在保护进出口知识产权方面的多处漏洞与不足，而后分三大章节对每一个问题进行详细阐述以及分析，并提出创设性建议及意见，分别是海关对专利权的保护引发的问题及解决建议；两种保护模式以及两种利益之间的冲突；海关保护知识产权的执行性困难及建议，深入分析造成海关保护知识产权难的种种原因及法律本源并从法理以及实践中总结经验以及阐明对策，结合我国实际情况并借鉴国外先进理念深入浅出，提出符合我国国情的改进办法，结合国际公约及世界各国立法对于知识产权海关保护制度的相关规定，分析探讨我国知识产权海关保护制度的理论基础、法律体系以及具体执法程序和规范，发现制度建设中存在的差距与缺陷，就我国知识产权海关保护具体制度中存在的相关问题在理论分析与制度比较的基础上提出创设性建议，以求对海关进行制度的完善和改进方面起到积极作用，从而更好地维护知识产权人的正当权利为我国对外贸易健康有序地发展打下坚实的基础。